个性数据挖掘用华大基因Dr.Tom,轻松发5分文章

【字体: 时间:2019年12月24日 来源:华大科技

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  今天就让科技君深度解析最新一篇利用Dr.Tom来帮助挖掘转录组数据的文章。该研究来自于厦门大学附属第一医院徐兵教授团队,近期发表在Clinical Epigenetics杂志上。

Dr.Tom多组学数据挖掘系统已经为超过8000位科研用户带来了颠覆性的数据挖掘方法。原本复杂难学的个性化分析,只要鼠标一点就能瞬间轻松实现。今天就让科技君深度解析最新一篇利用Dr.Tom来帮助挖掘转录组数据的文章。该研究来自于厦门大学附属第一医院徐兵教授团队,近期发表在Clinical Epigenetics杂志上。

文章题目:Co-inhibition of HDAC and MLL-menin interaction targets MLL-rearranged acute myeloid leukemia cells via disruption of DNA damage checkpoint and DNA repair.

发表期刊:Clinical Epigenetics

影响因子:5.496

发表单位:厦门大学附属第一医院等

发表时间:2019年10月7日

原文链接:

https://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-019-0723-0

研究目的

研究chidamide和MI-3(以下简称为C和M)两种抑制剂,协同治疗混合系白血病(MLL)基因重组的预后不良的机制。

实验设计

24个样品=4组*3个重复*2个时间。

C和M,处理MLL重组的白血病细胞,加M单药组、加C单药组、加M+C联合组及对照,共4组,每组3个重复,处理24和48小时。

华大DNBSEQ平台*转录组测序。

怎样用Dr.Tom做数据挖掘

1. 想找处理后有哪些变化的通路?从KEGG富集入手。KEGG富集分析显示C和M联合时,最显著改变的通路,有细胞周期、DNA复制和修复通路。


图1 A和B分别是处理24、48小时KEGG富集分析

2. 想知道哪种处理效果更明显,引起上面的通路变化?用小工具做GSEA。GSEA分析进一步显示这些改变绝大多数源于C,而非M(图2B是C处理)。


图2 C处理下的GSEA分析

3. 想找各处理下差异表达基因交集?从维恩图入手。不同处理下差异基因维恩图,有635个基因在三种处理下都表达(图3C)。

这些基因在各处理下都是一致上调/下调吗?点击图中心,获取基因集,小工具做热图。59个基因表现不同趋势(图3D方框所示),M处理下调,C处理或M+C处理上调。

如何把上面不同趋势的基因再筛出来?图上框选,获取基因集,小工具做热图。热图(图3E)与第2点结果相印证。


图3 C三种处理在48小时差异基因维恩图,D共有基因聚类热图,E各处理下表达趋势不同的59个基因聚类热图

4. 想知道上一步获得基因有什么功能?选小工具分别做GO和KEGG富集。GO和KEGG分析(图4D和E)发现这些基因涉及关键生存信号通路,炎症反应必需的细胞因子通路。


图4 D和E分别是59个基因的GO和KEGG分析

5. 想再从中继续筛选寻找关键基因?表格扩展列勾选不同组表达量,调整筛选条件,选小工具做热图。继续设置表格筛选条件:同时至少满足单药组2倍下调,联合组4倍下调,得到4个基因做热图(图5A),与DNA损伤应答有关。


图5 4个关键基因聚类热图

Dr.Tom更多亮点

作为一款集大数据分析及智能技术于一体的一站式个性化分析系统,Dr.Tom分析项目超过6500个,覆盖超过8000名科研人员。原来需要反复沟通数天才能获得的结果,Dr.Tom只需要简单几步点击就能实现,让个性化分析随心所欲,大大加速科研进程。

此外,Dr. Tom还有很多强大功能值得慢慢挖掘,比如下面两个亮点,就让数据挖掘的维度更丰富了——

亮点1 增强版GSEA分析工具

Dr.Tom GSEA富集工具,不仅能做人的,多种物种都已经帮您准备好。领头基因集可以一键获取,鼠标移到相应区域即可显示。另有11款分析工具任意调用,实现多组学数据循环挖掘。


图6 GSEA富集结果图(粉色区域显示的是领头基因集,可一键点击获取,进行数据循环挖掘)

亮点2 表达和功能一图展示

Dr.Tom差异基因聚类热图,不仅能自由框选基因集,还能添加KEGG、GO、COG等多种数据库注释,TCGA和ARCHS4数据库以及基因属性等,一图展示多维度信息。


图7 Dr.Tom差异基因表达热图一图展示多维度信息

再次祝贺徐兵教授及团队,科技君期待未来和更多老师们一起用Dr.Tom创造更多研究成果!

*注:BGISEQ-500、MGISEQ-2000等华大自主测序平台都是基于DNBSEQ™技术,所以统称为DNBSEQ平台。

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