GenomeAsia 100K 10万亚洲人基因组项目初步研究发布

【字体: 时间:2019年12月05日 来源:生物通

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  世界上约一半的人口是亚洲人,而亚洲人在已测序人类基因组序列中占比约6%。GenomeAsia 100K项目正在开发一个来自亚洲个体的基因组参考数据库,已提高亚洲人在基因组研究中的代表性。研究人员在Nature上发表了最新测序分析成果

  

目前已经测序的人类基因组序列中约有6%的样本来自亚洲个体。而世界上约一半的人口是亚洲人。GenomeAsia 100K项目成立于2016年,由Macrogen、盆唐首尔大学医院精准医疗中心、新加坡南洋理工大学、印度基因组分析企业MedGenome和美国罗氏集团子公司Genentech等组成,旨在对生活在亚洲的10万人(64个国家或地区的219个群体)的基因组进行测序,在全球公开的亚洲人基因组数据中涵盖最多的亚洲区域和人种。这意味着今后在开展亚洲人疾病研究的过程中,可不使用现有的欧洲人基因组数据库,而是使用亚洲人基因组数据库。Macrogen会长兼盆唐首尔大学医院精准医疗中心讲席教授徐正善(音译)教授与南洋理工大学斯蒂芬·舒斯特教授(Stephan Schuster)担任联合研究负责人,领导此项研究。

研究团队目前共分析并公开了1739人(印度598人、马来西亚156人、韩国152人、巴基斯坦113人、蒙古100人、中国70人、巴布亚新几内亚70人、印度尼西亚68人、菲律宾52人、日本35人、俄罗斯32人)的全长基因组,平均覆盖率为36倍。近日发表在《自然》杂志上的初步研究中(The GenomeAsia 100K Project enables genetic discoveries across Asia),该联盟报告了来自亚洲种群基因组数据的增加,有助于揭示以前未被重视的种群结构,并澄清了某些遗传变异的含义。

GenomeAsia 100K项目涵盖北方系蒙古部族到南方系印度尼西亚小岛上的孤立部族,分析了亚洲人种的起源特性并成功构建基因组数据库。这是为亚洲人以及世界上所有继承了亚洲人遗传特性的人种进行个性化诊断和治疗的绝好机会,意义重大。研究人员集中于从偏远和孤立的社区,以及从各种种姓和各种语言群体中收集样本。

通过主群体分析、混合分析和其他分析,研究人员发现,他们的样本在很大程度上反映了之前的亚洲人口结构研究。例如,他们报告说,印度、印度尼西亚和马来西亚包括多个祖先群体和多个混合群体。但他们也发现,在人类学上被归类在一起的印度、印度尼西亚和马来西亚的某些种群与其地理邻居的遗传关系比与该人类学群中的其他种群的遗传关系更为密切,这表明,这些群体中普遍存在的较深肤色可能是由于环境适应,而不是共同的祖先。

研究人员还发现了亚洲人群中有不同程度的来自古代丹尼索瓦人(Denisovans)的祖先,并估计美拉尼西亚人(Melanisians)和阿埃塔人(Aeta)中来自丹尼索瓦人(Denisovans)祖先的比例最高。

同时,研究人员报告说,这些新增加的亚洲基因组序列可以帮助医学遗传学研究。在他们的数据集中,将近四分之一的涉及蛋白质改变的变异体没有出现在公开的数据库中,如外显子集合联盟(ExAC)、gnomAD、1000基因组计划、NHLBI-GO外显子测序计划(ESP)和dbSNP。这些数据库通常用于筛选出罕见遗传病研究中可能不会致病的常见等位基因。当研究人员将新获得的数据集添加到gnomAD中,以筛选来自印度的“在年轻时患糖尿病的成年人”(MODY)项目的一组外显子时,研究人员可以将要追踪的候选变体数量减少两倍。根据他们新增的数据集,他们发现了NEUROD1中的一个常见多态性,在过去被认为与疾病相关但可能是良性的。

研究还发现了许多过往研究不曾发现的遗传特性,并有望揭示各亚洲民族对主要药物的反应差异。例如,心血管疾病患者常用的抗凝血剂法华林(Warfarin)对某些患者反应良好,但对于具有特定遗传变异的患者来说,可能会引起过敏等药物副作用。研究结果提示,韩国人、中国人、日本人或蒙古人等北亚人后裔中影响法华林敏感性的变异更为常见。

“关于亚洲人的基因组信息越多,就越能够分析出亚洲人罹患某些疾病的风险是否更高、对某些药物的反应是否更好。”徐正善教授表示,“我们今后将致力于成功完成10万名亚洲人基因组大数据,激活韩国国内外亚洲人相关疾病和药物基因组研究工作,奠定实现亚洲人个性化精密医学的基础。”

南洋理工大学教授Stephan Schuster指出,“了解人们的基因背景是能够实践个性化医学的重要组成部分。。。精确医学要做到精确,你必须准确地知道自己是谁。。。亚洲人的遗传特性比我们预期的要多得多。。。。GenomeAsia 100K项目将为帮助世界各地的亚洲人过上健康的生活发挥出重要的作用。”

“我们之所以在一生当中患上不同的疾病或者能够将彼此区别开来就是因为遗传性差异。”联盟联合研究负责人、印度MedGenome公司最高科学负责人Andrew S. Peterson博士表示,“了解这些个体差异是发现创新新药的重要线索。”

Macrogen进一步宣布,计划根据这些数据开发一个直接面向消费者的基因检测服务,将过去以研究者为中心构建的“基因组超市”扩展为以医疗团队为中心的服务,按国家或地区、人种提供专业化临床诊断服务的“全球临床基因组超市(Global Clinical Genome Supermarket, GCGS)”,并应用于亚洲人个性化临床诊断和治疗,藉此正式打入全球临床诊断市场。

 

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