当ThruPLEX技术遇上FFPE样本,会带来怎样的“神仙操作”!

【字体: 时间:2019年04月22日 来源:Takara

编辑推荐:

  恰好您要用FFPE样本进行基因组分析,恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit。世间好物虽多,但它值得尝试!


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FFPE样本作为生物和医学领域的重要样本来源,广受研究者的青睐。由于样本固定和储存过程中,容易发生核酸的降解和损伤,因此获得符合测序质量要求的文库通常很具有挑战性。那么面对做DNA-Seq的FFPE样本,应该如何应对呢?

“想要随心所欲的进行FFPE-DNA样本文库构建”,
这个神器值得拥有

【SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit】

“飞一般感觉”的操作

FFPE样本珍贵,担心在文库制备时损失?选择它吧。

该试剂盒利用ThruPLEX技术,通过使用特殊的茎环形接头,实现了更加简洁高效的实验流程和更短时间的手动操作。从起始DNA样本到可用于上机测序的文库仅需要三步2小时的操作。特别需要说明的是,整个操作是在一个反应管中即可完成,中间不需要纯化,能很大程度的减少样本的污染和损失!

技术概要:

(图片来源于Takara Bio Inc.)

“出类拔萃”的文库质量

FFPE样本降解严重,害怕不能得到高质量文库?选择它吧。

Takara严谨的数据评测:使用100 ng的FFPE-DNA样品,分别使用本试剂盒、A公司试剂盒和B公司试剂盒制备文库,然后使用Illumina NextSeq 500(2×76bp)测序分析。相比于其他公司试剂盒,以FFPE样品起始时,使用本试剂盒可以获得多样性更好的文库,并且重复率也较其他公司低。另外,使用本试剂盒制备的文库,在不同GC含量范围内可以产生更均匀的覆盖分布。

(数据来源于Takara Bio Inc.)

“经得起检验”-文献引用加持

说得好不如做得好,应用文献的真实反馈可供参考,选择它吧。

2018年7月20日发表在《npj Genomic Medicine》题为Recurrent loss of heterozygosity correlates with clinical outcome in pancreatic neuroendocrine cancer的文章。本研究利用全基因组测序技术(WGS)分析了胰腺神经内分泌瘤的拷贝数变异情况,结果表明,胰腺神经内分泌肿瘤的染色体杂合性的缺失与临床预后相关。实验以3-50 ng的微量FFPE-DNA样本起始,使用ThruPLEX-FD Kit(现为ThruPLEX DNA-Seq Kit)制备文库,并通过WGS与微阵列结果来验证拷贝数变异(CNV)。

以上内容都佐证了以降解样本起始时,使用该试剂盒可以得到高品质的文库!

所以,恰好您要用FFPE样本进行基因组分析,恰好我有SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit。世间好物虽多,但它值得尝试!

想要了解它的更多信息,请点击“阅读原文

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