BRB-seq：RNA测序快速廉价的未来

RNA测序是一种通过观察基因表达来分析整个基因组的技术。如今，这种全基因组表达分析是基因组研究的标准工具，因为它们依赖于高通量技术，而这些技术本身已经变得广泛可用。

　　

尽管如此，RNA测序仍然是昂贵和费时的，因为它首先需要昂贵的准备一个完整的基因组库——由细胞RNA生成的DNA池——同时数据本身也很难分析。所有这些都使得RNA测序难以运行，使得它被采用的程度没有它能做到的那么广泛。

在单细胞转录组学的革命推动下，一些新的方法提供了帮助，这种方法使用了所谓的“样本条形码”或“多路复用”。在这里，每个“条形码”序列在库准备过程中被添加到每个DNA片段中，以便在分析最终数据之前对每个片段进行识别和排序，这意味着这种方法只需要一个包含多个不同样本或细胞的库。

条形码既降低了成本，又缩短了时间，这可以扩展到大样本的批量RNA测序。但是，在适应和验证大量RNA样本的可靠和廉价分析方案方面仍然存在困难——这就是我们在分析细胞或组织的转录组时所面临的问题。

现在，来自EPFL生物工程研究所Bart Deplancke实验室的科学家们开发了一种新的方法，称为批量RNA条形码和测序（BRB-seq）技术，它比传统的商业RNA测序技术（Illumina的TruSeq）便宜25倍。

BRB-seq的诸多优点之一是快速且保持了链的特异性，特异性是该领域的一个挑战，必须在正确的方向上反转录出DNA。因此，BRB-seq提供了一种在数百个RNA样本上执行转录组学的低成本方法，这可以在一次运行中增加生物复制的数量（因此增加实验的准确性）。

在性能方面，科学家发现BRB-seq可以在相同的测序深度检测到与该领域“金标准（TruSeq Strand mRNA）”相同数量的基因，并且该技术即使在低质量的RNA样本中也能产生可靠的数据。此外，它产生全基因组转录组数据的成本相当于使用RT-qPCR分析四个基因，而RT-qPCR目前是测量基因表达的标准但通量低的方法。

在一项测试中，BRB-seq每天可以生成多达192个样本的现成基因组库，只需要两个小时的实际操作时间。该技术与用户友好的管道相结合，用于预处理和分析序列数据，允许在一天内获取结果。

“自发布以来，已有数十家实验室和公司与我们联系，希望帮助他们实施BRB-seq方法，”Bart Deplancke说。“由于BRB-seq的低成本，这些研究人员意识到他们现在可以用相同的预算分析更多的样品，从而大大增加了他们实验的样本数量和重复数量。因此，我们预计BRB-seq或类似的方法将长期成为任何分子生物学实验室的标准，并取代RT-qPCR作为基因表达谱分析方法的第一个选择。”

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原文检索：BRB-seq: ultra-affordable high-throughput transcriptomics enabled by bulk RNA barcoding and sequencing

（生物通：伍松）