做ChIP-Seq分析,发高分文章,还可以这样!

【字体: 时间:2019年05月13日 来源:Takara

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  ChIP-Seq,顾名思义就是将ChIP(染色质免疫共沉淀技术)与NGS相结合,一次性获得与目的蛋白质相结合的DNA序列、确定蛋白质的结合分布和准确的结合位点等信息。下面小编就简要介绍一篇关于ChIP-Seq应用研究,期望能给大家的科研思路带来些许帮助。

或许,大家可能注意过这样的情形:两个小孩,虽然是一对同卵双胞胎,拥有相同基因,但长相却并非一模一样。这其中的奥秘是因为我们人类除了基因组之外,还有一套系统来调控基因的表达,也就是所谓的表观遗传学。它是基于非基因序列的改变而导致的基因表达水平的变化。

ChIP-Seq就是其中一种广受追捧的表观遗传学研究方法。ChIP-Seq,顾名思义就是将ChIP(染色质免疫共沉淀技术,Chromatin Immunopre-cipitation)与NGS相结合,一次性获得与目的蛋白质相结合的DNA序列、确定蛋白质的结合分布和准确的结合位点等信息。

下面小编就简要介绍一篇关于ChIP-Seq应用研究,期望能给大家的科研思路带来些许帮助。

Transcriptional landscape of the human cell cycle
发表期刊: PNAS(IF=9.504)
发表日期:2017.03.28

研究背景

细胞周期,即细胞分裂的过程,对一个生物体的生长和发育至关重要。细胞周期受转录和表观遗传学的调控,十分复杂。但目前对于不同细胞周期阶段的转录调控和组蛋白修饰的动力学机制尚不清楚。

研究方法

本研究使用流式分选技术分选G0/G1、G1/S和M期的乳腺癌MCF-7细胞,采用ChIP-seq + DNase-seq + RNA-seq + GRO-seq的多组学技术,研究MCF-7细胞的整个细胞周期的转录组全景图谱。其中,SMARTer ThruPLEX DNA-seq Kit用于制备ChIP-seq和DNase-seq的文库。

结果与结论

本研究通过多组学联合分析,绘制了全面的细胞周期的转录和组蛋白修饰图谱,并揭示了整个细胞周期中转录组的动态变化特征。

在本研究中,考虑到细胞周期中染色质结构变化的重要性,使用H3K4me2-和H3K27ac抗体对MCF-7细胞进行染色体免疫共沉淀后,使用SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit制备文库,以研究整个细胞周期的染色质动力学。结果显示,通过均一化处理后,不同细胞周期阶段的样品中检出的峰值数量几乎相同。而且在生物学重复样本之间,以及不同细胞周期阶段样本之间的相关性非常高。这也表明尽管在不同细胞周期阶段染色体组织发生了巨大变化,但局部组蛋白修饰状态仍然非常稳定。

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参考文献:
Liu, Y. et al. Transcriptional landscape of the human cell cycle. PNAS 114, 3473–78 (2017).

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