混合文库vs.芯片文库,CRISPR筛选方法如何选择?

【字体: 时间:2019年05月20日 来源:生物通

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  为了高效地发挥这种技术的优势,我们在实验中应选择合适的方法。混合文库 vs. 芯片文库,到底哪一种更适合?

随着CRISPR-Cas9技术的出现,研究人员能够更轻松地开展功能基因组学筛选,从而更高效地研究基因与表型之间的关联。将精心设计的sgRNA与Cas9或衍生物相结合,CRISPR文库可以敲除、抑制或激活靶基因。

不过,为了高效地发挥这种技术的优势,我们在实验中应选择合适的方法。混合文库 vs. 芯片文库,到底哪一种更适合?

混合文库(Pooled CRISPR

在混合筛选方法中,人们通过慢病毒转导将sgRNA表达载体库整合到哺乳动物细胞的基因组中。混合筛选开展起来比较轻松,也比较经济,不需要自动化的液体处理设备。它使用混合的文库筛选整个基因组,特别适合明显的表型。之后可通过新一代测序(NGS)来获取数据。

芯片文库(Arrayed CRISPR)

芯片筛选是在96孔或384孔板中开展的。每孔的细胞需要单独处理,通常要有自动化设备来辅助。这种筛选适合分析微妙的表型(混合筛选通常无能为力)和有限的基因,以及原代细胞和神经细胞的分析,不过缺点是通量有限,价格不菲,对操作人员要求 比较高。

CRISPR筛选的类型

其他考虑因素

▪ 筛选时使用的是原代细胞还是细胞系
▪ 每个基因所用的sgRNA数量
▪ sgRNA文库适用的物种
▪ 筛选时需要用到的技术,如NGS、PCR和电穿孔设备

此外,近期多个研究小组将芯片筛选和混合筛选的优势相结合,为人们带来了第三种选择。目前问世的技术包括CROP-seq、CRISP-seq和Perturb-seq。

它们利用CRISPR-Cas9系统在单个样品中平行生成数千个基因扰动。之后利用单细胞RNA-Seq,同时测定每个细胞的扰动和表型。这些新方法将丰富的表型信息与每个特定扰动相关联,实现了大规模的单细胞转录谱分析。(生物通 薄荷)

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