NEJM:重新分析测序数据,诊断结果大不同

【字体: 时间:2019年06月24日 来源:生物通

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  一样的数据,不一样的结果。贝勒医学院和贝勒遗传学公司(Baylor Genetics)领导的研究团队对六年前测序的临床外显子组结果进行重新分析,发现诊断率几乎提高了一倍。

  

一样的数据,不一样的结果。贝勒医学院和贝勒遗传学公司(Baylor Genetics)领导的研究团队对六年前测序的临床外显子组结果进行重新分析,发现诊断率几乎提高了一倍。

研究人员首先分析了250名个体的外显子组测序结果,这些人曾于2011-2012年期间在贝勒医学院的认证实验室进行测序。之后,他们再将分析扩展到另外2,000个病例,他们是在2012-2013年期间测序的。

对于每个队列,研究人员发现通过手动或者半自动的重新分析,分子诊断率有了明显增加。他们之后对近二十家医疗保健供应商进行调查,了解如何向患者传达新的诊断结果,以及重新分析的后果如何。这项结果近日发表在《新英格兰医学杂志》上。

贝勒医学院分子和人类遗传学系刘鹏飞(Pengfei Liu,音译)及其同事认为,有必要对医生和患者进行教育,让他们认识到分子解释是不断发展的。他们表示:“定期且经济的重新分析可能让患者及其家庭和医生受益。”

在初步分析中,研究人员手动重新分析了250个病例,将分子诊断率提高到近47%,而在首次评估这些外显子组数据时诊断率不到25%。

利用这些数据,他们设计了一种基因优先级排序方法,随后对另一组更大的外显子组数据进行半自动化分析。对于这组2,000个病例,研究人员发现分子诊断率略有上升,从最初的25%上升至这一次的近37%。

“考虑到任务太重,我们并没有对第二个队列的外显子组序列进行手动分析,”研究人员解释说。“导致两个队列的整体诊断率出现差异的潜在因素包括孟德尔疾病患者的比例不同,以及手动分析和半自动分析之间的敏感性差异。”

对于64名在此过程中获得新诊断结果的患者,研究人员联系了他们的医疗保健供应商。超过一半的供应商(66%)进行了回复。

在23家医疗保健供应商中,13家指出订购医生希望收到重新分析的结果,另外10家供应商则建议,应将重新分析的结果告知患者护理团队中的所有医生。

调查结果显示,大约四分之三的患者在重新分析后再次进行了遗传咨询。对于这64名患者,随着外显子组内新的分子诊断线索出炉,17名患者的临床管理方案发生了变化。(生物通 薄荷)

原文检索

Reanalysis of Clinical Exome Sequencing Data

N Engl J Med 2019; 380:2478-2480
DOI: 10.1056/NEJMc1812033

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