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NanoString的新款空间多组学分析工具

【字体: 时间:2020年12月10日 来源:生物通

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  NanoString生物公司的GeoMx 数字化空间分析系统(GeoMx Digital Spatial Profiler)将空间和分子分析技术相结合,能够以单细胞分辨率生成组织图像,同时生成RNA或蛋白分析物的分析数据。

对于基因表达研究来说,空间一直都是具有挑战性的前沿领域。空间基因表达对于理解组织中细胞的身份和功能至关重要,但常规的工具无法有效地捕获这些信息。因此,细胞机制中的一些重要细节在研究过程中丢失了。近两年,空间基因组学和空间转录组学快速发展,出现了不少新工具。

NanoString生物公司的GeoMx 数字化空间分析系统(GeoMx Digital Spatial Profiler)将空间和分子分析技术相结合,能够以单细胞分辨率生成组织图像,同时生成RNA或蛋白分析物的分析数据。这种高通量的空间多组学分析让研究人员能够快速评估组织样本中的细胞异质性。

GeoMx Digital Spatial Profiler采用独家专利技术在抗体或者RNA上偶联DNA Oligo。每个DNA Oligo对应一个靶标。当抗体或RNA与组织上的靶标结合后,GeoMx Digital Spatial Profiler利用紫外光切断DNA oligo与抗体或RNA之间的连接物,从而释放出DNA Oligo以进行下一步定量。

多靶标

GeoMx Digital Spatial Profiler一天之内可处理多达12块组织切片。它能够对更多靶标(> 20,000个)和更多分析物(RNA和蛋白)进行分析,从而让您更快获得可发表的数据。

多区域

在保留组织样本完整性的情况下,GeoMx Digital Spatial Profiler可允许使用者在单张载玻片上根据组织轮廓选择感兴趣的区域(Region Of Interest),甚至选取稀有细胞群体进行分析。选择模式是多种多样的,可根据形状或标志物等。

多样本

与新鲜冷冻切片兼容,也与福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本兼容,同时也允许使用组织芯片(TMA)。这样,您的研究不再受样本类型的限制,可以开展更广泛的研究。

自动化的工作流程

应用

不久前有两项使用GeoMx Digital Spatial Profiler的研究发表在《Nature》杂志上。MD安德森癌症中心的Jennifer Wargo团队和瑞典隆德大学的Göran Jönsson团队分别用GeoMx DSP证明了三级淋巴结构(Teritiary Lymphoid Structure)在肿瘤免疫反应中起到重要作用。三级淋巴结构是在慢性炎症和肿瘤发生过程中在非淋巴组织上形成的异位淋巴器官,其结构和功能类似于淋巴结和脾脏等二级淋巴器官。

此外,两个团队都通过空间多组学技术,提供了基于三级淋巴结构的新型分子标志物,并对过往大量的黑色素瘤临床数据进行分析,为三级淋巴结构的密度和病人生存期的关系提供了强而有力的证据。

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