PacBio推出超低起始量的测序流程，只需5 ng gDNA

对研究昆虫或其他小动物的研究人员来说，如果要开展基因组测序，样本起始量就是第一个难题。动辄500 ng甚至5 μg的样本量，实在是伤不起。不过，PacBio带来了一个好消息，它推出了新的试剂盒，能够实现超低起始量的测序。

新的流程大大降低了对DNA数量的要求。现在，研究人员只需5 ng基因组DNA即可启动SMRT测序项目，还不到目前的低起始量流程的2%。这让许多研究节肢动物的科学家有机会使用HiFi测序。此外，人们还可以对数量极少的人类样本（如穿刺活检）进行全面的变异检测。

新推出的试剂盒是SMRTbell gDNA Sample Amplification Kit。它利用PCR扩增来获得足够的测序材料。每个试剂盒可处理18个样本，适用于节肢动物（< 500 Mb）的de novo基因组组装或人类变异检测。

当然，PacBio也提醒，如果您的样本根本不愁，数量上没有任何限制，最好还是采用标准的HiFi方案，以便获得最佳结果。下面我们就列出了各个方案的详细对比。

	标准HiFi测序	低起始量测序 2重	低起始量测序 单个样本	超低起始量测序
最低起始量	>3 μg / 1 Gb	300 ng（每个）	400 ng	5 ng
需要扩增？	否	否	否	是
基因组大小限制	无	600 Mb/每个	1 Gb	500 Mb
支持的应用	de novo组装 人类变异检测	de novo组装	de novo组装	de novo组装 人类变异检测

在测试时，研究人员利用该试剂盒对白蛉（Phlebotomus papatasi）进行测序。他们从单只昆虫中获得5 ng DNA，然后在Sequel II系统上进行测序，覆盖度达55倍。他们产生了近200万条HiFi reads，准确性至少达到Q20。平均读长为12 kb，平均读取质量为99.97%，也就是Q36。

PacBio的客户也一直在使用这种新方案。例如，德国马克斯•普朗克研究所的研究人员在开展辣根跳蚤甲虫（Phyllotreta armoraciae）的基因组研究。他们设法从单只甲虫的区区5 ng基因组DNA中提取出有价值的基因组数据。他们还处理了保存在乙醇中的标本，表明该方法同样适用于古老的样本。

此外，马克斯•普朗克研究所的研究人员还利用这种超低DNA起始量流程来研究跳虫（springtail）基因组，这是一种微小的节肢动物，与昆虫是近亲。他们在预印本中写道：“我们的研究表明，我们能够从这种不到一毫米的小动物中获得高质量的基因组，从而实现跳虫的多样性研究。”