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当前生物多样性危机严峻,作物野生近缘种保护迫在眉睫。研究人员针对北欧葛缕子(Carum carvi L.),评估其种内遗传多样性地理分布。结果发现其种群内遗传多样性相似且呈东西向分布。该研究为葛缕子保护和育种提供关键依据。
在全球生物多样性面临严峻挑战的当下,许多物种正逐渐消失,这其中就包括与农作物相关的野生植物。这些作物野生近缘种可是 “遗传宝藏库”,它们蕴含着对未来作物改良极为重要的遗传多样性,比如能助力农作物适应气候变化。然而,以往在保护野生植物时,常常忽略了它们的遗传多样性及其在种群间和种群内的分布情况。毕竟,有限的保护资源使得行动必须精准有效,才能最大程度确保物种的长期生存。在这样的背景下,为了更好地保护和利用作物野生近缘种,对其遗传多样性的研究变得至关重要。
来自北欧多个研究机构的研究人员,聚焦葛缕子(Carum carvi L.)这一重要的香料作物,开启了深入的研究之旅。葛缕子自中世纪就开始被栽培,如今已是全球重要的香料作物之一,在北欧地区,它不仅有着经济价值,还具备药用潜力。但目前对其野生种群的遗传信息了解甚少,这极大地限制了对它的保护和育种工作。
研究人员对来自北欧地区(冰岛、丹麦、挪威、瑞典和芬兰)16 个种群的 198 个葛缕子个体进行基因分型测序(genotyping by sequencing),以此评估其种内遗传多样性的地理分布,进而找出对原位(in situ)和异位(ex situ)保护以及植物育种有重要意义的种群。
在研究方法上,研究人员首先精心采集了不同种群的葛缕子叶片样本,确保样本来自无近期人类引入历史的区域。接着,运用 DNA 提取技术获取样本 DNA,并构建文库进行测序。之后,通过一系列严谨的序列处理流程,包括去除克隆序列、样本筛选等,为后续分析奠定基础。在数据分析阶段,使用 Stacks 等软件进行基因座构建、单核苷酸多态性(SNP)检测,还运用 Admixture、主成分分析(PCA)等多种方法对种群结构进行剖析 。
研究结果令人眼前一亮。在种群多样性方面,各个种群的变异位点数量有所差异,平均每个种群的多态性位点占变异位点的 85% 以上,共发现 789 个私有等位基因。种群内的遗传多样性均值为:观测杂合度(Ho)0.28 ,期望杂合度(He)0.29 ,核苷酸多样性(π)0.32 。其中,挪威的 Nord 种群遗传多样性最高,丹麦的 Sel 种群最低。而且,私有等位基因数量在更北部的种群中较多,但其他多样性指标与经纬度并无显著相关性。
从遗传聚类分析来看,通过 Admixture 软件发现,当K=3时最能解释样本的遗传多样性,且不同遗传簇之间的FST值在 0.26 - 0.31 之间。PCA 分析表明,大部分样本沿 PC1 聚类,且样本的分布与经度和纬度显著相关。判别分析(DAPC)进一步支持了种群间的遗传分化,发现不同地区的种群呈现出不同的聚类模式。
综合各项分析,研究揭示了北欧葛缕子遗传多样性呈东 - 西向分布的特点。这种分布很可能反映了其从不同冰期避难所迁移而来的殖民模式,同时也受到了人类活动的影响。例如,冰岛的葛缕子种群可能是由人类引入的,而挪威的 Skj? 种群虽然地理位置偏东,但遗传上却更接近西部种群,推测可能是人类迁移带来的结果。
这项研究意义重大。它为葛缕子的保护提供了科学依据,基于研究结果,研究人员推荐了一些优先保护的种群,如冰岛的 FH、挪威的 EkoS 等。这些种群涵盖了不同的遗传簇,保护它们有助于最大程度地保存葛缕子的种内遗传多样性。此外,研究还强调了原位保护结合异位备份的重要性,为未来葛缕子的保护和育种工作指明了方向。在全球生物多样性保护的大背景下,该研究为其他作物野生近缘种的研究和保护提供了宝贵的借鉴,有助于推动可持续农业的发展,保障未来的粮食安全 。