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为探究剪接失调在无罕见突变癌症中的作用,来自未知的研究人员开展了 OncoSplice 相关研究。他们定义了肿瘤分子景观,发现新亚型,证实相关剪接特征。抑制 PRMT5 等可抑制白血病进展,表明剪接失调是治疗靶点。
剪接因子突变凸显了剪接失调在癌症中的作用,但在没有这类罕见突变的情况下,其影响仍知之甚少。鉴于剪接能独特地解析癌症的基因亚型这一发现,研究人员开发了一种名为 OncoSplice 的无监督计算流程,以全面定义肿瘤分子景观。
在成人和儿童急性髓系白血病(AML)中,OncoSplice 仅通过剪接图谱就识别出了驱动基因的谱型,定义了十多种此前未报道过、在多个 AML 队列中反复出现的分子亚型,还发现了一种显性剪接亚型,它部分模拟了 U2AF1突变的剪接情况。尽管儿童白血病中不存在剪接因子突变,但这种 U2AF1-like 亚型在儿童和成人 AML 的基因层面均有出现,且一直预示着不良预后。
利用长读长单细胞 RNA 测序,研究人员证实,发现的 U2AF1-like 剪接在不同细胞状态中均存在,它借助了健康的昼夜节律基因程序,在疾病复发过程中保持稳定,并诱导了白血病干细胞程序。对一种与 U2AF1-like 剪接相关的调节因子 PRMT5 进行药物抑制,可挽救白血病的剪接错误,并抑制白血病细胞的生长。最后,在异种移植模型中,对 U2AF1-like 和 PRMT5 治疗的共同靶点 IRAK4 进行基因敲除,可阻止白血病的发展并诱导细胞分化。这项研究表明,在没有特定突变的情况下,广泛的剪接失调是异质性白血病的一个治疗靶点。