融合环境特征的基因组预测模型:助力热带地区生物质高粱杂交育种新突破

【字体: 时间:2025年05月10日 来源:Theoretical and Applied Genetics 4.4

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  为克服基因型 - 环境互作(GEI)对高粱杂交育种造成的复杂影响,研究人员利用热带生物质高粱育种项目历史数据集开展研究。结果发现整合环境特征(EFs)能提升基因组预测模型的预测能力,这有助于优化育种策略。

  在热带条件下的多环境试验中,收集环境和基因组信息有助于高粱杂交育种,能够克服基因型与环境互作(GEI)带来的复杂问题。本研究探索了结合环境特征(EFs)和基因组数据对生物质高粱杂交育种预测的价值,同时研究了特定时间窗口的 EFs 是否能提高预测效果。
研究使用了来自热带生物质高粱育种项目的历史数据集,涵盖 253 个基因型,涉及 64 次试验。首先进行第一阶段分析,获取调整均值(EBLUEs),并研究 29 个 EFs(地理、气候和土壤相关 EFs)对 GEI 的影响。随后,在第二阶段分析中,利用 221 个双亲均进行基因分型的杂交种数据,评估 12 种不同效应模型的预测能力和可靠性。

结果显示,最相关的 EFs 包括土壤有机碳、水平表面日照量、经度、露点温度和氮含量。在三种交叉验证场景(CV1、CV0 和 CV00)下,最有效的模型包含主要配合力效应、GEI 和 GωI(基因型与特定环境效应的互作),该模型利用了基于 EF 均值得到的环境亲缘关系矩阵(Ω)。仅在 CV2 场景下,一个结构相似但利用特定时间窗口 Ω 的模型表现更优。这些发现凸显了整合环境和基因组数据优化生物质高粱杂交育种策略预测模型的潜力。

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