Bergenia ciliata对肺癌的治疗潜力：一种综合性的分子对接、ADMET（吸收、分布、代谢和排泄）及分子动力学研究方法

《In Silico Pharmacology》：Therapeutic potential of Bergenia ciliata against lung cancer: an integrative molecular docking, ADMET, and molecular dynamics approach

Bergenia ciliata的EGFR抑制活性及分子机制研究显示，其代谢产物cianidanol和Leucocianidol通过氢键和疏水作用与EGFR关键残基结合，亲和力（-8.8/-8.7 kcal/mol）高于化疗药erlotinib（-8.3 kcal/mol），分子动力学模拟证实复合物结构稳定，MM/PBSA分析表明范德华力和静电排斥主导结合能（-51/-46/-34 kJ/mol）。该研究为开发新型抗癌药物提供先导化合物。

　　

摘要

Bergenia ciliata是一种喜马拉雅地区的药用植物，因其广泛的药理作用而被传统上使用。然而，其在分子层面的潜在抗癌应用尚未得到充分探索。本实验旨在确定B. ciliata中的植物化学成分作为表皮生长因子受体（EGFR）的天然抑制剂，而EGFR是大多数上皮癌的主要靶点。我们从IMPPAT和PubChem数据库中收集了相关植物化学数据，并利用SwissADME和ProTox-II工具评估了这些化合物的药物相似性、吸收性和毒性。随后，根据Lipinski规则和药代动力学条件，使用AutoDock vina软件将六种候选化合物与EGFR（PDB ID: 4HJO）进行对接。结果显示，cianidanol和Leucocianidol的结合亲和力最高，分别为?8.8 kcal/mol和?8.7 kcal/mol，而参考药物erlotinib的结合亲和力为?8.3 kcal/mol。这些化合物与Lys_721、Thr_766、Asp_831和Phe_832等关键残基之间存在多个氢键和疏水相互作用。100纳秒的分子动力学模拟表明，所有复合物的RMSD值保持稳定（0.10–0.20 nm），残基波动较小，且旋转半径也较小。MM/PBSA分析显示，这些化合物的稳定性主要依赖于范德华力和静电排斥作用，其结合能分别为?51 kJ/mol、?46 kJ/mol和?34 kJ/mol。研究结果表明，B. ciliata中的植物化学成分能够与EGFR紧密结合，且它们的生物相容性优于传统抑制剂。这些发现表明，这些化合物可以作为未来抗癌药物研发的潜在先导结构，因为它们具有有前景的特性，未来还需通过体外和体内研究进一步验证。