基于MPS技术的513多基因型SNP鉴定试剂盒的开发和验证，用于降解的法医样本

《Human Genetics》：Development and validation of an MPS-based 513-Plex SNP identity panel for degraded forensic samples

开发SNP多联扩增系统（507 autosomal SNP、5 Y-InDel、1 amelogenin），片段81-116bp。验证201样本（含30降解样本），0.1ng DNA输入时准确率100%，31.25pg检测率100%。系统人类特异性，抗抑制（如高浓度 humic acid等）。结论为新型降解样本分析工具。

　　

摘要

在常规法医实践中，降解样本是一个挑战。常用的短串联重复标记由于其结构复杂性和位点长度，并不适合用于降解样本的分析。相比之下，单核苷酸多态性（SNPs）由于具有单碱基突变的特点，可以设计出较短的扩增片段，从而在检测降解样本中的突变时具有优势。因此，我们的团队开发了一种多重扩增系统，用于对降解样本进行个体识别，该系统涵盖了507个常染色体SNP位点、5个Y染色体插入/缺失（InDel）位点和1个牙釉质蛋白性别鉴定位点。该多重系统中的扩增片段长度范围为81至116 bp。通过对201个样本进行测序分析，验证了该体系的法医适用性。其中包含30个降解样本（模拟降解样本：热降解和超声波破碎；福尔马林固定、石蜡包埋的样本）。结果表明，即使DNA输入量仅为0.1 ng且样本严重降解，该体系中所有位点的基因分型准确率仍保持在100%。敏感性实验显示，在DNA输入量仅为31.25 pg的情况下，位点检测率达到了100%，基因型准确率为92.5%。根据群体数据分析，该系统的总区分能力达到1–5.513×10^?143。此外，我们在验证研究中使用了包括精液、唾液、月经血、10年前的血迹卡片和12年前的血迹卡片在内的法医案例样本。结果显示，所有样本类型的基因分型准确率均为100%。进一步的验证数据证实了该系统的物种特异性（仅适用于智人）以及对抑制剂（如腐殖酸、血红素、乙二胺四乙酸和靛蓝，浓度高达200 μM）的耐受性。总之，该系统可以作为法医工作中分析降解样本的新工具。