DNA条形码技术在确认Chimonocalamus属（禾本科：竹亚科）新物种中的应用

《Journal of Systematics and Evolution》：DNA barcoding and cryptic new species confirmation of Chimonocalamus (Poaceae: Bambusoideae)

龙竹属物种鉴定采用基因组测序和分子系统学方法，通过plastome和nrDNA分析确认三个新物种，并揭示fimbriatus复合体存在。Skmer分析显示对物种分类具有最高鉴别效率。研究为竹类及植物分子鉴定提供实证案例。

　　

摘要

Chimonocalamus属竹子的特征包括粗壮的根茎、下部节上长有根刺环，以及半光亮的花序。然而，由于形态特征的相似性和地理分布的重叠，该属的物种鉴定可能存在混淆。为了确认中国境内Chimonocalamus属竹子的身份，研究人员通过基因组扫描技术重新获取了10个已知物种和3个潜在新物种的49个样本的质体DNA和核糖体（nrDNA）数据。采用基于距离和基于树的方法分析了6个数据集的物种区分率，并应用了Skmer分析方法。结果显示，Skmer分析具有最高的区分能力，能够识别出9个物种（69.23%）。质体DNA的区分成功率远高于三种标准质体DNA条形码的组合，后者在六个数据集中表现最差。通过质体DNA、nrDNA数据集以及Skmer分析，并结合形态学差异，确认了这三个潜在的新Chimonocalamus物种。本文描述并首次报道了这三个新物种：Chimonocalamus hekouensis（Y. X. Zhang, Gui L. Zhang & D. Z. Li）、Chimonocalamus hsuehiorum（D. Z. Li & Y. X. Zhang）和Chimonocalamus shuangjiangensis（D. Z. Li & Y. X. Zhang）。此外，还提出了Chimonocalamus fimbriatus复合体的存在，需要进一步研究。总体而言，质体DNA和nrDNA可以作为Chimonocalamus物种鉴别的有效超级条形码，在识别隐秘新物种方面发挥重要作用；Skmer分析方法也可用于分子鉴定。我们的研究为竹子的分子鉴别提供了实证案例，对其他植物类群的鉴定也有参考价值。

利益冲突

作者声明没有利益冲突。