厘清伞菌科（Agaricaceae s.l.）的分类混乱：一个整合性的系统基因组框架结合分歧时间测定方法重建了其分类体系

《Fungal Diversity》：Disentangling taxonomic chaos in Agaricaceae s.l.: an integrative phylogenomic framework with divergence dating reconstructs classification

伞菌科 sensu lato系统分类修订整合多组学数据与形态学分析，确立五科分系及四亚科框架，描述2新属43新种10新组合，解决传统分类争议，为真菌多样性研究提供新基础。

　　

摘要

广义上的Agaricaceae科（s.l.）是一类具有高度多样性和生态重要性的担子菌类群，但由于形态特征的趋同以及相互矛盾的系统发育假说，其分类框架长期以来一直存在争议。在这里，我们通过对广义Agaricaceae科进行了全面的系统基因组学和分类学修订，整合了多基因位点的系统发育分析方法（ITS、nrLSU、rpb2、tef1），包括522个新生成的序列，总计996个序列，涉及60个属中的334个物种；同时利用了基因组规模的数据（来自118个基因组的1764个单拷贝直系同源基因，其中12个是为本研究新生成的）、分歧时间估计以及详细的形态学分析。我们的分析表明，广义Agaricaceae科是一个单系群，由五个在白垩纪时期分化出来的古老且得到强有力支持的支系组成。基于这些综合证据，我们提出了一种修订后的分类方案，确认了五个科：重新定义的狭义Agaricaceae科和Lycoperdaceae科；恢复的Battarreaceae科和Coprinaceae科；以及确认了Verrucosporaceae科的科级地位。在重新定义的Agaricaceae科内部，我们设立了四个亚科（Agaricoideae、Leucocoprinoideae、Macrolepioideae和Podaxioideae），以构建一个稳定的内部分类框架。此外，还描述了两个新属（Furfuragaricus、Conioexocarpus）和43个新物种，并对10个物种进行了重新组合。这一新的分类方案通过解决主要腹菌类群在科级分类上的争议并明确历史上存在问题的属（Leucoagaricus、Leucocoprinus、Lepiota）的边界，提供了前所未有的稳定性。这一综合框架结合了分子、形态学和时间证据，解决了长期存在的分类学模糊性，并为未来关于真菌多样性、进化和生态学的研究奠定了坚实的基础。我们的结果强调了系统基因组学在解析复杂分类群中的关键作用，并突显了广义Agaricaceae科内部被低估的多样性。