单细胞三重组学技术绘制小鼠全脑生命周期三维表观基因组与转录组图谱：解锁脑细胞转录奥秘

探索转录程序的基因组基础一直是科研热点。研究人员开发单细胞方法 ChAIR，同时绘制染色质可及性、染色质相互作用和 RNA 表达图谱。应用于小鼠全脑研究，揭示了表观基因组、三维（3D）基因组和转录组在成熟与衰老过程中的协同动态变化，意义重大。

　　探索转录程序的基因组基础一直是长期的研究重点。这里报道了一种单细胞方法 ChAIR（染色质可及性、相互作用和 RNA 表达联合分析技术），可同时绘制染色质可及性、染色质相互作用和 RNA 表达图谱。在培养细胞中验证后，将 ChAIR 应用于整个小鼠大脑，描绘了在成熟和衰老过程中表观基因组、三维（3D）基因组和转录组的协同动态变化。特别是，以基因为中心的染色质相互作用和开放染色质状态为细胞类型特异性转录提供了三维表观基因组机制，并揭示了空间分辨的特异性。重要的是，单个细胞中短程和超长染色质接触的组成与转录活性、开放染色质状态和基因组折叠密度显著相关。这种基因组特性以及相关的细胞特性，在整个生命周期中不同解剖区域的神经元和非神经元细胞中存在差异，这意味着在脑细胞中发挥作用的核机械 - 基因组机制有所不同。研究结果证明了 ChAIR 在揭示复杂组织中细胞类型特异性转录的单细胞 3D 表观基因组状态方面的稳健性。