2009年北京基因组所973项目(首席科学家介绍)

　　

生物通报道：来自北京基因组研究所的消息，2009年度北京基因组研究所多个“973”项目及课题获得科技部资助，与往年相比，取得了较大的进步。其中包括：

刘斯奇研究员作为首席科学家牵头的《蛋白质组海量质谱数据的解析及其在人类基因组注释中的应用》获得了资助。该项目集合了中科院计算所、复旦大学、上海生物信息技术研究中心等相关单位；

刘斯奇研究员简介：

刘斯奇，博士，中国科学院北京基因组研究所研究员。1994年毕业于德克萨斯大学医学部（University of Texas Medical Branch）生物及人类遗传系，并获得生物及分子生物学博士。1995至1998年初，在贝勒医学院（Baylor College of Medicine）完成了博士后训练。1998年5月被聘为路易维尔大学（University of Louisville）医学院医学系的助理教授。长期以来一直从事基因表达的调控及基因产物、结构与功能的研究，尤其是有关非胰岛素依赖性糖尿病的基因及其调控。1999年参与创建北京华大基因研究中心并任中心副主任，主要负责蛋白质组学平台的建设，特别是生物信息学在蛋白质结构、功能上的应用与基因表达的各种实验系统以及具有基因组特点的功能基因组策略性实验系统的建立。于2002年担任中国人类蛋白质组组织的副理事长。为“十五”国家重大科技专项（863）“人类重大疾病及重要生理功能相关的蛋白质组学研究：肺癌和胃癌的蛋白质组学研究”子课题负责人，中科院创新工程“水稻蛋白质组学”子课题负责人。在国际杂志上发表文章30余篇。


于军研究员项目组的张晓伟高级工程师承担的《禽流感病毒遗传变异分析》；

于军研究员简介

学习及工作经历：

78年考入吉林大学化学系生物化学专业，
83年考入中科院生物物理所并获CUSBEA奖学金，次年赴美国纽约大学医学院攻读博士。
90获得全美泌尿科疾病基金博士奖，任纽约大学医学院泌尿系研究助理教授。
93年参与国际人类基因组计划，在美国华盛顿大学基因组中心工作。
98年回国后与同事共同创建了中国科学院遗传研究所人类基因组中心和北京基因组研究所。先后参与并主持了国际人类基因组计划（包括中国部分），超级杂交水稻基因组计划，家蚕基因组计划等重大科学研究项目。目前担任国家重大科学计划转录组研究首席科学家。一直从事基因组学、生物信息学和人类遗传学等研究。迄今已在包括《Nature》、《Science》和《PLoS Biology》等主要国际杂志发表科学论文逾百篇，发表科学专著二十余本（章），包括《分子细胞学和分子医学大百科全书》。先后获得国家自然科学基金委“杰出青年奖”，中国科学院“****（国外杰出人才）”，香港求是科技基金会 “求是杰出科技成就奖”。
2003年度中国科学院杰出科技成就奖。
2002年，被国际著名的《科学美国人》杂志评选为首届年度全球科研领袖。担任《Genomics，Proteomics and Bioinformatics》主编，《Genomics》和《Journal of Comparative Plant Genomics》副主编。


专业工作：

　　于军博士84年起从事上皮细胞分化研究，用细胞生物学和分子生物学手段研究、鉴定并命名了一系列膀胱上皮细胞特有的分化标志性亚细胞结构（不对称单位膜）、蛋白质和基因（尿路膜板块基因系列UPI、II、III等），在Journal of Cell Biology, Journal of Biological Chemistry和Journal of Cell Science等专业杂志发表论文十余篇。93年起为“人类基因组计划”的大规模测序阶段的到来做技术准备工作，与黄家树博士共同建立“多酶全解物理图谱”制作技术，并将该技术用于大规模DNA测序实践。先后在Genome Research, PNAS, Genomics等专业杂志发表相关论文数十余篇。97年起研究基因组学基本理论和生物信息学方法。98年开始基因多态性和单核苷酸多态性(SNP)研究，用重新测序的方法验证EST和基因编码区SNP的分布特点，研究结果在Nature Genetics发表。曾测定数百基因的SNP，发现一类基因的低频率（<10%）多态性可能是基因产物的适应性造成，与人类的迁徙和生活环境相关。98年起主持了“人类基因组计划北京部分（1%计划）”、“中国杂交水稻基因组计划”、“家蚕基因组计划”、“鸡基因组多态性研究计划”等多项基因组研究计划。目前的研究工作主要有四个方面：（1）基因组比较分析与基因组进化研究，对象包括原核生物、单细胞真核生物和动植物基因组；（2）基因组稳定性与基因变异规律研究，主要内容为DNA修复机制、细胞周期和细胞凋亡相关基因的表达与调控；（3）以细胞为基础的转录组分析和方法学探索，研究对象为哺乳动物和人类不同组织的干细胞、分化细胞和肿瘤细胞；（4）表型可塑性研究动物模型的建立，发现相关调控基因并以线粒体的参与功能性介入为主要研究对象。

 

肖景发副研究员承担的《木薯基因组注释与信息整合》；

肖景发副研究员简介：

个人基本情况：

91年考入四川大学生物系生物学专业，
98年考入吉林 大学理论化学国家重点实验室攻读博士，
于2003年7月获得 理学博士学位。
于2003年－2005年在协和医科大学药物所 进行博士后研究，主要从事计算机辅助药物分子设计研究。
于 2005年－2007年在美国犹他大学化学系进行博士后研究工作，主要从事蛋白质同源模拟和分子对接算法的研究。
2007年到中国科学院北京基因组研究所工作。主要进行生物信息学和计算生物学等研究。
迄今已在包括《Journal of Molecular Graphics and Modelling》、《Protein Engineering》和《Journal of Physical Chemistry》等国际杂志发表科学论文二十多篇。

专业工作：
肖景发博士1998年起在吉林大学攻读博士学位，主要进行大气中重要化学反应的机理研究，在Journal of Physical Chemistry, Journal of Computational Chemistry和Phys. Chem. Chem. Phys等专业杂志发表论文十余篇。2003年起在协和医科大学药物所从事糖尿病相关靶点的计算机辅助药物分子设计研究，其中关于蛋白质酪氨酸磷酸酯酶药物分子设计已经申请到自然科学基金的资助(抗糖尿病的新型PTP 1B抑制剂的设计、合成及构效分析)，先后在Journal of Molecular Graphics and Modelling、Protein Engineering和Bioorganic & Medicinal Chemistry等专业杂志发表相关论文数篇。2005年起在犹他大学化学系从事计算分子生物学的研究，主要的研究课题是同源模建和分子对接算法发展和应用，并参加NCF-Information Technology Research项目Computational Science and Engineering Online研究。其中发展的软件CSE－Online已经得到计算科学领域的工作者广泛应用。2007起到中国科学院北京基因组研究所，主要从事生物信息学和计算生物学等方面的研究。目前的研究工作主要有两方面：（1）基因组比较分析与基因组进化研究；线粒体蛋白质进化关系的生物信息学研究；蛋白质不同结构域的氨基酸组成分析和编码规律研究，对象包括原核生物、单细胞真核生物和动植物；（2）利用同源模拟，分子对接，虚拟筛选，以及定量构效关系等方法实现计算机辅助药物分子设计；研究药物与靶标蛋白之间、蛋白与蛋白之间的相互作用机理。

 

陈唯军副研究员承担的《RA相关新型自身抗原鉴定及修饰特点研究》

陈唯军副研究员简介：

陈唯军同志是国家病原微生物卫生应急网络实验室主任、北京奥运安全传染病网络实验室主任、国家病原微生物卫生应急实验室网络专家委员会委员，他所在的华大基因研究中心的科研水平位列全球第三、亚洲第一。他参与了国家“863计划”、国际科技合作重点项目等11项国家及军队重大课题，发表科技论文40余篇，其中SCI收录十多篇，出版专著2部,获得国家发明专利2项。2003年非典期间，陈唯军同志和同事们共同率先完成了我国SARS病毒基因组的测序分析，研制出我国第一个用于SARS病毒抗体诊断的试剂盒，受到了胡锦涛同志的接见。四川地震发生后，他迅速组织同事开赴四川灾区，最早在灾区建立了应急分析病原微生物检测组，开发了未知病原体快速鉴定平台。