高福实验室，华大基因等处合作PLoS Pathog发现新型冠状病毒

　　

　分别于2002年和2012年暴发的严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）在公共卫生领域中造成的重大影响，激起了广大研究者密切关注冠状病毒的生物多样性、基因组学及跨物种传播的可能性，尤其是来源于蝙蝠（第二大哺乳动物群体）的冠状病毒。目前，大量的研究证据表明，感染人类的冠状病毒229E、OC43、NL63、HKU1、SARS-CoV、人类肠道冠状病毒4408以及最近发现的MERS-CoV可能均来源于蝙蝠。蝙蝠冠状病毒的多样性比其他动物冠状病毒更高。

　　最近，通过泛冠状病毒和深度测序技术，中国科学院微生物研究所高福实验室与云南省疾控中心和华大基因合作，从云南西双版纳采集棕果蝠的直肠拭子样本中鉴定出一种新型蝙蝠冠状病毒，将其命名为果蝠冠状病毒GCCDC1（Ro-BatCoV GCCDC1）。Ro-BatCoV GCCDC1在基因组结构和组成上与果蝠冠状病毒HKU9（Ro-BatCoV HKU9）类似，但是根据国际病毒分类委员会（International Committee of Taxonomy of Viruses，ICTV）的分类和判断标准，该病毒可以定义为一种新型蝙蝠冠状病毒。

　　尤其值得注意的是，在病毒基因组的3’末端整合有一个独特的基因，这个基因在所有已知的冠状病毒中都找不到同源序列，序列和进化分析表明可能来源于一个古老的蝙蝠正呼肠孤病毒。亚基因组mRNA和细胞水平试验表明Ro-BatCoV GCCDC1的p10基因与正呼肠孤病毒的p10基因一样是一个功能基因，能够诱导细胞合胞体的形成。在病毒复制周期中，p10基因可能能够促进病毒在细胞与细胞之间转移。

　　重组是冠状病毒产生遗传多样性的重要机制，在冠状病毒中经常可见重组事件的报道。然而，迄今为止大部分重组事件主要涉及相关病毒之间的同源序列。这是首次发现在单股正链RNA病毒与双股分节段的RNA病毒之间的跨科重组。该研究对深入了解病毒间异源重组的机制，以及重组事件对于病毒的毒力和潜在的从蝙蝠到人的跨物种传播的作用具有重要意义。

　　相关工作于9月27日在线发表在PLoS Pathogens杂志上。

 

科学家在蝙蝠中发现跨科重组的新型冠状病毒

原文摘要：

A Bat-Derived Putative Cross-Family Recombinant Coronavirus with a Reovirus Gene

The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) in 2002 and Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) in 2012 has generated enormous interest in the biodiversity, genomics and cross-species transmission potential of coronaviruses, especially those from bats, the second most speciose order of mammals. Herein, we identified a novel coronavirus, provisionally designated Rousettus bat coronavirus GCCDC1 (Ro-BatCoV GCCDC1), in the rectal swab samples of Rousettus leschenaulti bats by using pan-coronavirus RT-PCR and next-generation sequencing. Although the virus is similar to Rousettus bat coronavirus HKU9 (Ro-BatCoV HKU9) in genome characteristics, it is sufficiently distinct to be classified as a new species according to the criteria defined by the International Committee of Taxonomy of Viruses (ICTV). More striking was that Ro-BatCoV GCCDC1 contained a unique gene integrated into the 3’-end of the genome that has no homologs in any known coronavirus, but which sequence and phylogeny analyses indicated most likely originated from the p10 gene of a bat orthoreovirus. Subgenomic mRNA and cellular-level observations demonstrated that the p10 gene is functional and induces the formation of cell syncytia. Therefore, here we report a putative heterologous inter-family recombination event between a single-stranded, positive-sense RNA virus and a double-stranded segmented RNA virus, providing insights into the fundamental mechanisms of viral evolution.