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为解决巴塔鳅基因组资源不足问题，研究人员开展其基因组组装研究。他们更新了巴塔鳅基因组，确定了 23270 个蛋白编码基因，还识别出微卫星位点。该研究为物种遗传多样性评估和保护提供了重要资源。
在欧洲的溪流中，生活着一种貌不惊人却意义非凡的小鱼 —— 巴塔鳅（Barbatula barbatula）。它广泛分布于欧洲各地，喜欢栖息在溪流上游多石的区域，以小型无脊椎动物为食。别看它个头不大，在生态系统中却扮演着重要角色。然而，由于溪流网络的复杂性以及人类活动的影响，巴塔鳅的种群面临着诸多挑战。不同区域的巴塔鳅种群之间交流困难，部分种群甚至出现了遗传隔离现象。这使得了解它们的遗传多样性变得尤为重要，因为这能为保护工作提供关键信息。
在此之前，虽然已有巴塔鳅的基因组组装数据，但存在缺失基因比例较高等问题，严重阻碍了对该物种的深入研究。为了填补这些知识空白，来自匈牙利德布勒森大学（University of Debrecen）等机构的研究人员决心深入探索巴塔鳅的基因组奥秘。他们深知，高质量的基因组组装对于揭示物种遗传关系、研究进化过程以及制定有效的保护策略至关重要。
研究人员经过不懈努力，成功获得了巴塔鳅更新的基因组组装结果。这一成果意义重大，不仅为后续的保护遗传学研究提供了丰富的资源，还能帮助人们更好地理解巴塔鳅的生物学特性和进化历程。该研究成果发表在《Scientific Data》上，为相关领域的研究开辟了新的道路。
在研究过程中，研究人员运用了多种关键技术方法。首先，他们通过野外采集获得巴塔鳅样本，利用牛津纳米孔 GridION 测序仪进行三代测序，获得了长读长和超长读长的数据。接着，使用 CovEst 软件估计基因组大小，再通过多种组装软件如 Shasta、nextDenovo 等进行基因组组装，并运用 racon 和 medaka 软件对组装结果进行优化。此外，还借助 BLAST、BUSCO、OMArk 等工具进行序列比对、基因组完整性评估和基因注释等分析。
下面来详细看看研究结果。
- 基因组组装：研究人员估计巴塔鳅基因组大小为 588.40 Mbp，经过一系列组装和优化步骤，最终的基因组组装包含 25 条染色体支架和 43 个未定位的重叠群（contigs），总大小达 550 Mbp。染色体支架的 BUSCO 评分达到 96.7%，这表明组装的完整性较高，远优于之前的参考基因组。
- 基因预测与注释：研究人员共预测出 23270 个蛋白编码基因。功能注释显示，这些基因广泛参与生物过程（BP，42.66%）、细胞组成（CC，29.55%）和分子功能（MF，27.78%）等多个方面。例如，在生物过程中，参与 RNA 聚合酶 II 转录调控的基因较多；在细胞组成方面，许多基因与细胞膜、细胞核等结构的形成有关；在分子功能上，金属离子结合、ATP 结合等功能较为常见。而且，新组装基因组中可进行功能注释的基因比例更高，这为深入了解巴塔鳅的生物学功能奠定了基础。
- 微卫星位点识别：为了进一步助力下游的种群遗传学研究，研究人员在已有的公开基因组和新组装基因组中筛选微卫星位点（SSRs）。他们最终识别出 26209 个常见的微卫星位点，这些位点可直接应用于后续研究，有助于更精确地分析巴塔鳅种群的遗传分化情况。
综合来看，研究人员成功完成了巴塔鳅基因组的更新组装，获得了高质量的基因组序列和注释信息，并识别出大量微卫星位点。这些成果对于巴塔鳅的保护遗传学研究意义非凡。一方面，高质量的基因组序列可以作为参考，用于深入研究巴塔鳅不同种群之间的遗传关系，帮助人们了解它们的扩散模式和种群动态。另一方面，识别出的微卫星位点为种群遗传分析提供了有力工具，能够更精准地评估遗传多样性，监测种群变化，从而为制定科学合理的保护策略提供重要依据，为保护巴塔鳅这一物种贡献关键力量。
