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为探究 3CLpro-TEAASs 对恩赛特韦疗效影响，研究人员开展相关研究，发现其对症状缓解时间影响不明显。
新冠疫情给全球带来了沉重打击，由严重急性呼吸综合征冠状病毒 2（SARS-CoV-2）引发的这场大流行，已导致全球约 700 万人死亡。它不仅严重威胁人们的健康，还对社会经济造成了广泛且持久的负面影响。
在抗击新冠的过程中，人们积极研发各种疫苗和治疗药物，如抗病毒药物、单克隆抗体、糖皮质激素和细胞因子拮抗剂等。然而，RNA 病毒（如 SARS-CoV-2 和流感病毒）特别容易发生突变。这些突变让病毒能够适应环境，导致疫苗和抗病毒药物的效果大打折扣，出现 “病毒逃逸” 现象。而且，使用抗病毒药物还可能筛选出耐药病毒，产生带有耐药突变的病毒变体，其中就包括治疗过程中出现的氨基酸替换（treatment-emergent amino acid substitutions，TEAASs），这会降低治疗的有效性。像流感病毒就曾出现过神经氨酸酶抑制剂耐药突变，在 2007 - 2009 年引发疾病的全球传播。SARS-CoV-2 的 Delta 和 Omicron 等变体也因突变，让现有的疫苗效果变差，即使接种了加强针，对 Omicron 的防护效果也会随时间减弱。
在众多抗病毒药物中，恩赛特韦（ensitrelvir）是一种针对 SARS-CoV-2 感染的口服 3C 样蛋白酶（3CLpro，也被称为主要蛋白酶 Mpro或 NSP5）抑制剂，已在日本获批用于治疗轻至中度 COVID-19，并且美国食品药品监督管理局也在对其进行快速审查。3CLpro在 SARS-CoV-2 的复制和增殖过程中起着关键作用，体外研究发现，3CLpro的某些氨基酸替换会降低病毒对恩赛特韦等抗病毒药物的敏感性。所以，明确 3CLpro-TEAASs 在临床环境中对恩赛特韦疗效的影响至关重要。
为了解决这一问题，来自多个机构的研究人员开展了相关研究，该研究成果发表在《Antiviral Research》上。研究人员通过两项关键研究来探索 3CLpro-TEAASs 与恩赛特韦疗效之间的关系。
临床研究方面，研究人员利用了一项跨国、多中心、随机、双盲、安慰剂对照的 3 期临床试验（SCORPIO-SR）的数据。该试验在 2022 年 SARS-CoV-2 Omicron 变异株流行期间进行，招募了年龄在 12 至 70 岁之间的轻至中度 COVID-19 患者。患者被随机分为三组，分别接受恩赛特韦 125mg、250mg 或安慰剂治疗，每天一次，持续 5 天。研究人员对患者治疗前后的鼻咽拭子样本进行全基因组测序，分析 nsp5 3CLpro区域和 11 个 3CLpro切割位点的氨基酸替换情况，同时测量 SARS-CoV-2 病毒 RNA 水平和病毒滴度。
体外研究方面，研究人员选取了 5 种不同的 SARS-CoV-2 毒株（Pango 谱系：A、B.1.1.7、B.1.351、P.1 和 B.1.617.2），在含有不同浓度恩赛特韦（0.041 - 10μmol/L）的环境下，通过 VeroE6/TMPRSS2 细胞对病毒进行 4 次传代培养。传代结束后，收集含有最高浓度测试物质（>50% 细胞病变效应）的细胞培养基，用于 SARS-CoV-2 病毒 RNA 的基因分型分析。此外，研究人员还利用重组反向遗传学技术构建了带有 3CLpro突变的 rgSARS-CoV-2，并进行抗病毒试验，评估其对恩赛特韦、瑞德西韦（remdesivir）和奈玛特韦（nirmatrelvir）的药物敏感性，同时在人呼吸道上皮细胞（hAECs）中进行病毒适应性和竞争适应性分析。
研究结果如下：
临床研究结果显示，在 SCORPIO-SR 试验中，347 名接受恩赛特韦 125mg 治疗和 343 名接受安慰剂治疗的患者在症状出现 72 小时内接受了首次给药。在接受恩赛特韦 125mg 治疗的 204 名患者（59.1%）和接受安慰剂治疗的 137 名患者（40.2%）中获得了配对序列数据。3CLpro-TEAASs 在恩赛特韦 125mg 治疗组的 19 名患者（9.3%）和安慰剂组的 3 名患者（2.2%）中被检测到。恩赛特韦 125mg 治疗组中最常见的 3CLpro-TEAASs 为 M49L（n = 12）、M49I（n = 3）和 S144A（n = 2）。有这些突变和没有这些突变的患者，5 种 COVID-19 症状（鼻塞或流涕、喉咙痛、咳嗽、发热或有热感、乏力或疲倦）的中位缓解时间（TTR）没有明显差异。虽然携带 M49L、M49I 或 S144A 突变的患者病毒 RNA 水平下降速度比没有这些突变的患者慢，但两组的病毒滴度下降情况相似，而且患者血浆中恩赛特韦的浓度也没有明显差异。
体外研究结果表明，体外病毒传代研究发现了 3CLpro的多个氨基酸替换，包括 D48G、M49L、P52S、S144A 和 M49L/S144A 等。其中一些突变也在临床研究中被发现。对抗病毒药物敏感性的评估显示，带有 T25A、D48G、M49I、M49L、P52S、S144A 和 M49L/S144A 等突变的病毒对恩赛特韦的敏感性降低，但瑞德西韦和奈玛特韦对这些突变病毒的抗病毒活性没有明显变化。带有这些突变的重组病毒在体外的增殖能力不高于野生型病毒，在 hAECs 中与野生型病毒以 1:1 混合培养时，突变病毒的相对比例在传代过程中逐渐降低。
研究结论和讨论部分指出，在接受恩赛特韦 125mg 治疗的患者中检测到了 3CLpro-TEAASs，其中最常见的是 M49L、M49I 和 S144A。这些突变似乎对 COVID-19 症状的 TTR 没有明显影响，治疗后患者的病毒 RNA 水平和滴度下降情况也相似。虽然目前对恩赛特韦敏感性较低的病毒流行率较低，但 SARS-CoV-2 容易发生突变，因此持续监测这些病毒的频率对于合理使用恩赛特韦非常重要。此外，研究中检测到的 3CLpro-TEAASs 对奈玛特韦没有交叉耐药性，这也支持了恩赛特韦和奈玛特韦作用位点不同的观点。
总的来说，这项研究为恩赛特韦的临床应用提供了重要参考，让人们对 3CLpro-TEAASs 与恩赛特韦疗效之间的关系有了更深入的了解，有助于更好地应对 SARS-CoV-2 感染的治疗问题，同时也为后续抗病毒药物的研发和应用提供了宝贵的经验。
