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为探究转录因子（TFs）调控基因表达机制，研究发现协同作用等在转录调控中更关键，有助于理解转录调控。
近期研究表明，在真核生物中，经典协同作用在转录起始中的作用可能被高估了。相反，转录因子（TFs）与转录机制之间的协同相互作用，可能在驱动特定基因调控方面发挥更重要的作用。
一些相分离的核凝聚物，起着有序枢纽的作用，能浓缩转录因子和辅因子，从而促进高效且快速的转录调控，同时减少非特异性相互作用和脱靶效应。
共价翻译后修饰（post - translational modifications），可以动态调节这些凝聚物内转录因子的相互作用。通过调整转录因子与其他蛋白质和核酸的亲和力，这些修饰增强了协同和增效相互作用，还能使转录反应更加敏锐。
一个整合了协同性、协同作用、共价修饰和相分离的模型，能够为理解特定环境下的转录调控，提供一个全面的框架。这些机制之间的相互作用，对于在真核生物中实现精确且整合的转录结果至关重要。
转录因子（TFs）通过与顺式调控元件中的特定 DNA 基序结合，来控制基因表达。协同作用曾被认为可确保转录因子的结合特异性。但近期研究显示，至少在酵母中，协同作用的作用可能被过度强调了。因此，协同作用（synergy），即多个 DNA 位点上结合的转录因子对转录机制的集体招募，成为实现转录反应特异性的更重要机制。此外，转录因子在相分离的核凝聚物中的浓缩及其共价修饰，通过互补机制在增强转录反应方面，发挥着虽未被充分认识但至关重要的作用。一个整合了协同性、协同作用、翻译后修饰和相分离的模型，为解释真核生物中动态的、特定环境下的转录反应，提供了一个全面的框架。
