印度干旱地区麻楝基因组测序及 SSR 标记开发：遗传改良的关键进展

为解决麻楝（A. excelsa）优质种植材料问题，研究生成其基因组序列，开发 SSR 标记，揭示遗传结构。

　　麻楝（Ailanthus excelsa）是印度干旱地区（IAR）一种生长迅速、用途广泛的农林业树种。它常作为非森林树木（TOFs）被广泛种植在农田、路边、河岸等地，这些地方种植的遗传资源多为随机栽种。为确保工业盈利所需的优质种植材料（QPM）供应，其种质必须经过系统的遗传改良计划。基础种群的遗传变异性对有效选择至关重要，但基因组资源和标记的缺乏阻碍了这一进程。本研究旨在生成麻楝的基因组序列信息，并从头开发简单序列重复（SSRs）。研究利用 Illumina 平台生成了约 9600 万条原始读数，组装成约 18.3 万个重叠群，GC 含量为 33%，N50 值为 641bp。共鉴定出 7667 个微卫星重复序列，其中二核苷酸重复最为丰富。富含 AT 的重复序列比富含 GC 的基序更为普遍。研究人员设计了总共 3696 对引物，并挑选其中 150 对进行验证。在聚合酶链式反应（PCR）中，145 个 SSR 得到了阳性扩增，15 个显示出多态性条带模式。这些多态性 SSR 被用于对来自印度北部和中部的 213 个个体进行特征分析。SSR 分析揭示出较高的基因多样性（He = 0.71；Ar = 9.12），且种群间遗传分化可忽略不计。该研究提供了一套全面的从头开发的 SSR 标记，并为麻楝的遗传结构提供了基础信息，这对麻楝的保护和长期遗传改良计划至关重要。