印度柚木基因组研究：解锁种群结构与木材性状遗传密码

为探究印度柚木基因组特征，研究人员用全基因组重测序（WGRS）的 SNP 开展研究，明确种群结构并找到 71 个相关 SNP，意义重大。

　　柚木（Tectona grandis Linn f.）是一种来自热带地区、在经济层面具有重要价值的硬木树种。研究人员借助从全基因组重测序（WGRS）获得的单核苷酸多态性（SNP），对国家柚木种质库（NTGB）中代表印度柚木种群的基因组特征展开研究。这是首次利用覆盖全基因组的高密度 SNP，对 NTGB 克隆进行基因组特征描述的研究。通过精细尺度连锁不平衡（LD）衰减分析，使用 5039635 个 SNP，在 r²阈值为 0.2 的情况下，短距离 LD 跨越 1.25kb 的物理距离，这一数值远高于以往对柚木的研究结果。

研究人员利用这些基因组特征，识别种群结构，以及与木材性状（如心材与边材比例、木材密度）相关的基因位点。从 132 份种质中选取 493591 个 SNP（在 r²=0.2 时进行 LD 修剪），划分出 3 个不同的亚种群，这与柚木起源于中南地区的理论以及从缅甸引入种质的情况相符。分子方差分析（AMOVA）显示，这些亚种群之间存在 39.4% 的变异，进一步证实了这种种群结构划分。南部和中部亚种群的杂合度较高，而来自北方邦和奥里萨邦的亚种群，被认为是从缅甸引入的，含有大量稀有等位基因。研究总共识别出 71 个与木材性状显著相关的 SNP，其中一些位于基因区域的 SNP，在应激反应和木材形成过程中发挥作用。

这项研究的发现为分子育种技术，以及柚木的管理和保护工作奠定了坚实基础。此外，在不同假分子中发现的遗传变异热点，将有助于开展针对性的功能基因组学研究，以及木材性状研究中的标记 - 性状关联分析。