利用皮肤黏液 DNA 结合 MIG-seq 技术在鱼类全基因组 SNP 分型中的探索

为满足养殖鱼类遗传研究需求，研究验证红鲷鱼皮肤黏液 DNA 结合 MIG-seq 用于全基因组 SNP 分型的可行性，意义重大。

　　随着养殖鱼类遗传研究需求的不断增长，全基因组单核苷酸多态性（SNP）分型受到了广泛关注。本研究对源自日本主要养殖鱼类红鲷鱼（Pagrus major）皮肤黏液的 DNA 进行了验证，探究其作为基因分型测序技术 MIG-seq（Multiplexed Inter-Simple Sequence Repeat Genotyping by Sequencing）可行来源的潜力。研究人员用拭子采集幼年红鲷鱼的皮肤黏液样本，随后使用 Serapure 磁珠提取 DNA。结果发现，黏液来源的 DNA 比鳍样本提取的 DNA 降解程度更高。对黏液来源的 DNA 进行 MIG-seq 扩增获得了成功，不过其扩增子相较于鳍样本来源的更短。从两种 DNA 来源中均鉴定出约 14,000 个 SNP，其中约 50% 的 SNP 是相同的。运用非加权组平均法（UPGMA）聚类进行系统发育分析表明，来自同一红鲷鱼个体的黏液和鳍样本在聚类上紧密相关。此外，通过 Mantel 检验比较鳍和黏液样本的遗传关系矩阵（GRM），发现二者存在显著相关性（r = 0.684，P < 0.001），这意味着它们具有较强但并非完全一致的遗传相似性。同时，黏液样本的观测杂合度显著高于鳍样本，这暗示可能存在污染。研究人员还通过对成年养殖红鲷鱼进行田间试验，进一步证实了该方法的适用性和有效性。尽管田间试验提取的 DNA 量较少，但 MIG-seq 文库构建成功，获得了 17,474 个高质量 SNP。这些结果表明，皮肤黏液来源的 DNA 结合 MIG-seq 技术，是鱼类全基因组 SNP 分型颇具前景的非侵入性替代方法。不过，在将其应用于鱼类全基因组 SNP 分型之前，还需进一步优化，以降低污染风险并规范实验流程。