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为解决黑口新鳗(Genypterus maculatus)基因组信息及热应激反应相关生物学知识有限的问题,研究人员开展了其肝脏转录组组装及热应激响应研究。结果显示获得 26,620 条注释转录本等,该研究为黑口新鳗提供了宝贵基因组信息,揭示其热应激响应机制。
黑口新鳗(Genypterus maculatus)是智利传统渔业中具有重要意义且具备水产养殖潜力的本土鱼类。然而,有关其基因组信息以及热应激反应影响的生物学知识较为有限。本研究首次对黑口新鳗的肝脏进行从头转录组组装,并探究了该物种肝脏对热应激的响应。从头组装得到 26,620 条注释转录本,N50 为 2297,GC 含量为 49.76%。BUSCO 分析表明,在后生动物(Metazoa)和辐鳍鱼(Actinopterygi)中,完整直系同源物分别占 97.1% 和 75.7%。功能注释共得到 55,556 个基因本体(GO)术语,其中生物过程注释有 26,128 个,分子功能注释有 15,225 个,细胞成分注释有 14,213 个。RNA 测序(RNA-seq)分析显示,热应激下有 94 个差异表达转录本,其中 64 个下调,30 个上调。富集分析表明,这些差异表达转录本涉及通过同源重组修复双链断裂、相互减数分裂重组以及 DNA 修复等生物过程。研究还观察到,热应激导致皮质醇水平显著升高,而肝脏酶(丙氨酸转氨酶 ALT、天冬氨酸转氨酶 AST、碱性磷酸酶 AP)活性无显著差异,同时肝脏中的 DNA 损伤(无嘌呤位点
形成)和脂质过氧化(4 - 羟基壬烯醛蛋白加合物)增加。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)对差异表达转录本进行验证,证实了 RNA-seq 的结果。这些研究结果为黑口新鳗提供了有价值的基因组信息,并突出了在气候变化背景下该物种对热应激的生理和分子响应。