瓜德罗普岛环境类鼻疽伯克霍尔德菌 22 - 10884_313#20 菌株全基因组序列解析：探索热带疾病潜在威胁的新视角

为解决类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei）在法属西印度群岛环境中的相关问题，研究人员开展了对从瓜德罗普岛土壤样本中分离出的菌株 22 - 10884_313#20 全基因组序列的研究。结果得到其完整基因组序列，这有助于深入了解该菌在当地的生态和基因组适应性。

　　类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei）是类鼻疽的病原体。类鼻疽是一种严重的热带疾病，在东南亚和澳大利亚北部流行。该菌在受污染的土壤或水中生存，可通过接种、吸入或摄入感染人类或动物。临床表现多样，从肺炎到败血症和皮肤感染都有，主要影响有合并症的成年人，尤其是糖尿病患者。在法属西印度群岛，自 1993 年以来已报告 25 例类鼻疽病例。从瓜德罗普岛土壤中分离出的 22 - 10884_313#20 菌株，证实了当地环境存在类鼻疽伯克霍尔德菌。研究人员使用两种试剂盒提取该菌株的基因组 DNA 进行测序。MinION 测序时，用 Lucigen 试剂盒提取 DNA，用 Rapid Barcoding SQK - RBK - 004 试剂盒制备文库，在 MinION MK1B 系统上测序。MiSeq Illumina 测序时，用罗氏试剂盒提取 DNA，用 Illumina DNA Prep (M) Tagmentation 试剂盒制备文库，在 MiSeq Illumina 平台上测序。通过混合组装和校正，得到了该菌株的全基因组序列。该菌株基因组长度为 7364047bp，由两条环形重叠群组成，分别对应两条染色体。注释显示有 6245 个编码序列基因、235 个假基因和 78 个 RNA 基因。基因组的 G + C 含量为 67.94%，N50 为 4123479bp，无未确定碱基（N）。对该菌株与当地和全球菌株进行比较基因组分析，可能有助于了解类鼻疽伯克霍尔德菌在法属西印度群岛的生态和基因组适应性。