哈佛森林土壤中七株Ralstonia spp.高质量基因组草图揭示气候变暖响应机制

编辑推荐：为解析土壤细菌Ralstonia对气候胁迫的响应机制，研究人员通过混合组装（hybrid assembly）和长读长测序（ONT）技术，完成了7株分离自哈佛森林长期增温实验区菌株的高质量基因组草图（最小完整度92.6%，平均GC含量63.45%），为理解陆地碳循环及病原菌适应性进化提供了关键基因组资源。

　　科学家们从美国哈佛森林长期增温实验区（坐标42.54°N, 72.18°W）的温带森林土壤中，分离出七株兼具生态与医学意义的Ralstonia细菌。这些小家伙可不简单——既是土壤碳循环的“工程师”，又是潜在的植物病原菌。研究团队运用牛津纳米孔测序（ONT）和Illumina双平台，打造了四组混合组装（de novo hybrid）和三组长读长组装（de novo long-read）基因组，平均覆盖深度达44-185×，GC含量稳定在63%左右。最引人注目的是，所有菌株与模式菌Ralstonia thomasii的基因组相似度高达99.7%，但它们的核糖体RNA基因拷贝数（16S:16-19个，23S:20-21个）却藏着微妙的变异密码。通过Flye、Racon等工具打造的基因组草图，不仅揭示了土壤增温处理与矿物/有机层来源对菌株分化的影响，更为微生物适应气候变化的“生存策略”提供了分子级别的解码钥匙。