德克萨斯州卢博克市表层土壤中戈登氏菌裂解性噬菌体FlyingTortilla和ScarletRaider的基因组特征与分类学意义

来自德克萨斯理工大学的研究团队通过SEA-PHAGES项目，从卢博克市表层土壤中分离出两株感染戈登氏菌(Gordonia rubripertincta)的裂解性噬菌体。研究者采用Illumina MiSeq测序技术完成FlyingTortilla(PQ184803)和ScarletRaider(PQ184837)的全基因组测序，揭示其92kb基因组、60%GC含量及125+预测基因特征，通过生物信息学分析将其归类于尾病毒纲(Caudoviricetes)DQ簇，为环境污染物降解菌的噬菌体资源库提供新成员。

　　科研团队在德克萨斯州卢博克市表层土壤中发现两株新型噬菌体——FlyingTortilla和ScarletRaider，它们专一性感染具有环境污染物降解能力的革兰氏阳性菌戈登氏菌(Gordonia rubripertincta)。通过SEA-PHAGES项目的标准化流程，研究者采用peptone yeast calcium broth富集培养结合0.22 μm滤膜除菌，利用琼脂覆盖技术获得清晰噬菌斑。基因组测序显示：FlyingTortilla(92,983bp)和ScarletRaider(92,813bp)具有60%左右GC含量，分别预测125和127个基因，但均未检测到tRNA。使用Newbler v2.9组装的基因组经Consed v29校验，通过Glimmer v3.0和GeneMark v2.5进行基因预测，结合BLAST、Phamerator和HHpred等工具注释功能。系统发育分析表明这两株噬菌体属于尾病毒纲(Caudoviricetes)中未分类的DQ基因簇，其环状排列基因组(circularly permuted genome)特征为噬菌体进化研究提供新线索。该成果由匹兹堡噬菌体研究所完成测序，相关数据已存入GenBank(SRR31899099/SRR31899096)和PhagesDB数据库。