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遗传资源保护意义重大，但多数地方品种起源不明，京油鸡就是典型例子。研究人员开展 “基于祖先信息的京油鸡遗传溯源、保护效果及选择信号分析” 研究，明确其 12 个遗传供体品种，评估保护成效，挖掘相关基因，为地方品种保护利用提供依据。
在动物遗传资源的广袤世界里，地方品种宛如一颗颗独特的明珠，承载着丰富的遗传信息和地域文化特色。然而，当前它们正面临着严峻的挑战。随着外来品种凭借优良商业性能的冲击，地方品种的生存空间不断被挤压，出现了种群数量下降、遗传多样性减少以及遗传混杂等问题。就拿家鸡来说，中国拥有众多独具特色的地方鸡种，可它们的遗传背景却常常模糊不清，这就像一团迷雾，严重阻碍了对其遗传资源的有效保护、开发和利用。京油鸡（Beijing-You chicken，BY）作为中国地方鸡种的典型代表，肉质鲜美、外观独特，可它的起源一直是个未解之谜，仿佛隐藏在历史的角落里，等待人们去揭开神秘的面纱。在这样的背景下，开展相关研究迫在眉睫，这不仅关乎地方鸡种的命运，更是对生物多样性保护和可持续农业发展的有力支持。
中国农业大学等研究机构的研究人员挺身而出，踏上了探索京油鸡遗传奥秘的征程。他们的研究成果发表在《BMC Genomics》上，为我们呈现了一幅清晰的京油鸡遗传画卷。
为了深入了解京油鸡的遗传背景，研究人员采用了多种关键技术方法。首先是样本采集与测序，他们收集了 39 个中国地方鸡种（Chinese local chicken，CLC）和 2 个野生原鸡品种的样本，其中京油鸡包含 5 个亚群共 177 个样本 。对这些样本进行全基因组重测序，获取海量的遗传数据。接着进行质量控制和变异检测，运用 GTX-One 平台和多种软件对测序数据进行处理和筛选，确保数据的准确性。随后通过主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）、HyDe 软件分析等方法进行群体结构分析和杂交检测，探索京油鸡与其他鸡种的遗传关系。此外，还利用多种算法进行基因组相似性分析、祖先推断和系统发育加权分析等，全面解析京油鸡的遗传组成 。
在研究结果方面，研究人员取得了一系列重要发现。
- 群体结构与杂交检测：通过 PCA 分析发现，多数 CLC 品种聚类明显，京油鸡与华北、华中地区的 CLC 品种遗传距离较近。HyDe 分析进一步证实京油鸡存在杂交信号，且华北地区鸡种对其遗传贡献较大12。
- 潜在遗传供体：综合运用 IBS 邻接树、Fst 邻接树、nIBD、等位基因频率建模和外群 f3 等多种分析方法，从 39 个 CLC 品种中确定了 12 个京油鸡的潜在遗传供体，包括 BIAN、DG、GS 等34。
- 全球和局部祖先分析：利用 RFMix 软件推断，发现京油鸡全球祖先比例相对稳定，其中 ZYY 的贡献最高，约为 30%。但局部祖先成分存在高度异质性，不过在经过选择的 BY_P 和 BY_F 亚群中，这种异质性有所降低56。
- 基因组结构特征：通过 MSMC2 估计，京油鸡与其遗传供体大约在 5000 年前就已分化，结合其仅有 300 年的稳定品种历史，表明京油鸡可能是近期杂交形成的。而且，京油鸡基因组中祖先杂合子比例较高，连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）水平也显著高于其遗传供体，这些都为其近期杂交提供了有力证据78。
- 保护效果评估：对比京油鸡两个随机保护亚群 BY_R1 和 BY_R2 发现，过去十年间其有效种群大小保持稳定，全球祖先比例也未出现明显变化，但基因组多样性和祖先异质性有所下降。这说明虽然保护工作取得了一定成效，但也面临着一些挑战910。
- 选择信号分析：在对主要针对多趾性状选育的 BY_P 和高肌内脂肪含量选育的 BY_F 两个亚群进行分析时，研究人员发现了多个与选育性状相关的基因和区域。例如，在 BY_P 中，与多趾相关的 Lmbr1 基因所在区域出现明显选择信号；在 BY_F 中，检测到大量与肌内脂肪沉积相关的基因，如 ACOX3、KLHL4 等1112。
研究结论和讨论部分进一步揭示了这项研究的重要意义。研究人员成功构建了一种整合全基因组单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）和祖先成分的分析框架，为品种起源追溯、遗传评估、保护效果评价和选择信号检测提供了新的思路和方法。确定了京油鸡的 12 个遗传供体品种，其中河南鸡（如 GS、ZYY、XCB）是其主要遗传贡献者。同时，研究还发现京油鸡在选育过程中，某些基因可能受到遗传供体的影响，这为后续深入研究京油鸡的遗传机制提供了重要线索。此外，研究人员还指出，地方鸡种在遗传保护方面普遍面临挑战，如遗传多样性下降、近交系数增加等，因此优化育种策略、加强遗传多样性管理至关重要。这项研究为地方品种的保护、改良和可持续利用提供了宝贵的理论依据和实践指导，犹如一盏明灯，照亮了地方鸡种遗传资源保护与利用的前行道路。
