基于 snRandom-seq 的福尔马林固定石蜡包埋样本单核全 RNA 测序:解锁临床样本单细胞转录组密码

【字体: 时间:2025年04月26日 来源:Nature Protocols 13.1

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  福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本蕴含丰富临床信息,但对其进行单细胞或单核 RNA(sc/snRNA)分析颇具挑战。研究人员开发了 snRandom-seq 技术,该技术能有效从 FFPE 样本中捕获全 RNA,降低双细胞率,提升检测能力,为研究复杂生物系统提供有力工具。

  福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本是患者材料的巨大宝贵资源,常与广泛的临床病史和随访数据相关联。然而,在这些存档组织中实现单细胞或单核 RNA(sc/snRNA)分析仍然颇具挑战。为此,研究人员开发了 snRandom-seq,这是一种基于液滴和随机引物的单核全 RNA 测序技术,专门为 FFPE 组织设计。该方法利用随机引物捕获总 RNA,与最先进的高通量 sc/snRNA-seq 技术相比,双细胞率低至 0.3%,RNA 覆盖度更高,对非编码 RNA 和新生 RNA 的检测能力也更强。该实验方案提供了从 FFPE 样本中分离单个细胞核、进行原位 DNA 封闭、逆转录和 dA 加尾反应、标记单核液滴以及制备测序文库的全面指南。整个 snRandom-seq 过程可在 4 天内完成。这个平台是临床样本 snRNA-seq 的有力工具,在研究复杂生物系统方面有着广泛应用。
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