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来自巴西的研究人员通过对萨贝塞斯(佩顿卢斯)unduosus 蚊子进行宏基因组测序,研究杆状病毒属(Gordisvirus)成员的基因组序列。他们获得了该病毒的完整编码基因组序列,确认其分类,这有助于拓展对新杆状病毒科(Xinmoviridae)的认知。
新杆状病毒科(Xinmoviridae)是一类负链 RNA 病毒,其基因组大小在 9 到 14 千碱基之间,通常感染节肢动物。对蚊子的病毒组研究扩展了人们对新杆状病毒的认知,发现了多种新病毒。在本研究中,研究人员对 2022 年在巴西亚马逊州贝伦采集的 10 只雌性萨贝塞斯(佩顿卢斯)unduosus 蚊子样本进行宏基因组测序,获得了杆状病毒属(Gordisvirus)一个不同寻常成员的完整编码基因组序列。
研究人员将包含完整昆虫身体的样本,在含有 2% 青霉素和链霉素、1% 两性霉素 B、5% 胎牛血清的 500 微升杜氏磷酸盐缓冲盐水(Dulbecco’s Phosphate Buffered Saline)中,加入 3 毫米钨珠,使用 TissueLyser II 在 25 赫兹频率下匀浆 1 分钟。随后,利用 QIAamp 病毒 RNA 提取试剂盒提取病毒 RNA,再通过 SuperScript 和 NEBNext 试剂盒进行 cDNA 合成。接着,使用 SureSelectQXT 试剂盒制备文库,并在 NextSeq 550 平台上采用双端测序法,使用 NextSeq 500/550 高输出试剂盒 v.2.5(300 个循环)进行测序。
测序得到 15,694,292 条读数,经过质量控制后剩余 14,536,750 条。获得的重叠群长度为 12,150 碱基对,有 24,834 条比对读数,GC 含量为 42.52%,平均覆盖度为 272 倍。该重叠群包含 5 个开放阅读框(ORF),其排列顺序与单股负链病毒目(Mononegavirales)类似,从 5′到 3′端依次为核蛋白(NP;1,311 nt)、小跨膜蛋白(STM;312 nt)、假定蛋白(1,317 nt)、糖蛋白(G;2,004 nt)和依赖 RNA 的 RNA 聚合酶(RdRp;6,057 nt) 。由于覆盖度低,5′ - 3′非翻译区(UTR)未确定。
依赖 RNA 的 RNA 聚合酶(RdRp)序列与阿尔比普斯蚊子杆状病毒样病毒(Albipes mosquito Gordis - like virus)密切相关,氨基酸和核苷酸的同一性分别为 72.83% 和 65.89%。系统发育分析表明,获得的序列与杆状病毒属(Gordisvirus)的其他成员聚为一类,自展支持率为 100%。根据国际病毒分类委员会(ICTV)的标准,在杆状病毒属(Gordisvirus)中,依赖 RNA 的 RNA 聚合酶(RdRp)区域氨基酸同一性低于 66% 可作为物种划分的标准。因此,研究人员认为所获得的基因组可归类为杆状病毒属(Gordisvirus)的一个不同寻常成员,并暂命名为 “蚊子阿尔比普斯杆状病毒样菌株 1(Mosquito Albipes Gordis - like strain 1)”。
研究人员感谢弗拉维亚?巴雷托?多斯桑托斯博士(奥斯瓦尔多?克鲁兹基金会,FIOCRUZ,巴西里约热内卢)、罗德里戈?阿尔维斯?多斯桑托斯上校和安东尼奥?克里斯蒂亚诺?德利马?特谢拉上校(巴西空军)为研究提供便利,同时也感谢两位匿名审稿人的宝贵意见和建议,这些都提升了研究的质量。本研究由高等教育人员素质提升协调办公室(CAPES)(项目编号 88887.629083/2021 - 00)、帕拉州立大学亚马逊地区寄生虫生物学研究生项目(PPGBPA)和埃万德罗?查加斯研究所(IEC/SVSA/MS)资助。