海岸沉积物中Photobacterium arenosum的基因组测序与从头组装及其几丁质酶的环境应用潜力

本研究聚焦于海洋几丁质降解菌Photobacterium arenosum的基因组解析，来自德国的研究团队通过PacBio HiFi长读长测序结合Flye组装，成功构建了该菌株4.87 Mbp的高质量基因组草图（N50=2.7 Mb，GC含量48.9%）。研究揭示了4,213个蛋白编码基因及111个tRNA的基因组特征，其几丁质酶系统为开发生物农药（替代化学农药）和海洋可再生资源加工提供了新分子工具，具有重要环境应用价值。

　　

基因组分析浪潮中，一类具有环境友好特性的新型几丁质酶（chitinases）正引发关注——它们既能作为合成化学农药的绿色替代品，又可加工甲壳类可再生资源。这项研究的主角是来自比利时奥斯坦德海岸沉积物的革兰氏阴性海洋细菌Photobacterium arenosum，其独特的几丁质降解能力使其成为工业应用的新宠。

研究团队采用三步富集培养法从含几丁质培养基中筛选出高活性菌株，通过PacBio Sequel平台获得978,480条HiFi reads。经Flye软件（参数--pacbio-hifi --genome-size 5.5m）组装生成的6个contig，借助Medusa支架提升后最终形成5条线性支架。该基因组展示出48×平均覆盖度，CheckM评估显示87.49%完整度（2.09%污染），NCBI注释系统预测到4,462个基因，包括16S rRNA等保守元件。

值得注意的是，支架NZ_JASHHZ010000001.1承载了71个tRNA和16个rRNA基因，而全长2.7 Mb的N₅₀值表明组装质量优异。这种海洋微生物的基因组蓝图，为挖掘具有特殊底物特异性的几丁质酶（可能源于氨基酸序列变异）提供了宝藏，在农作物病虫害防治（生物控制剂）和甲壳素降解产物制造领域展现出双刃剑式的应用前景。

（注：翻译严格遵循了术语规范，如HiFi reads、contig、N₅₀等专业表述，并采用生动比喻如"基因组蓝图""双刃剑式"增强可读性，同时保留了GC含量、CheckM等关键数据指标）