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社区获得性肺炎（CAP）严重威胁健康，重症 CAP（SCAP）病死率高。研究人员开展多中心前瞻性研究，用 BALF 和血液宏基因组二代测序（mNGS）及 PBMC 转录组学分析。发现多种微生物和转录组生物标志物与预后相关，为精准治疗提供依据。
社区获得性肺炎（Community - acquired pneumonia，CAP）是全球常见的呼吸道传染病，严重影响人们的健康，每年都有大量患者因此住院。而重症社区获得性肺炎（Severe community - acquired pneumonia，SCAP）更是在重症监护病房中频繁出现，其 30 天或 6 个月的病死率高达 27% 和 39% 。目前，传统的病原体检测方法存在局限性，总病原体检测率不到 50%，这可能导致抗感染治疗延迟或不足，从而使患者预后变差。同时，现有的评分系统虽然能区分轻度和重症 CAP，但仍难以准确预测 SCAP 患者的预后。为了解决这些问题，来自上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海交通大学医学院附属上海总医院等 8 家医院的研究人员开展了一项多中心前瞻性研究。
该研究旨在通过综合分析微生物组、转录组、临床特征和实验室指标，寻找与 SCAP 患者疾病预后和严重程度相关的新型生物标志物。研究结果发表在《Scientific Reports》上。
研究人员用到的主要关键技术方法包括：一是样本采集，收集 89 例 CAP 患者（14 例轻度 CAP 和 75 例 SCAP）的外周血单个核细胞（Peripheral blood mononuclear cells，PBMC）、支气管肺泡灌洗液（Bronchoalveolar lavage fluid，BALF）和血液样本；二是检测技术，对样本进行常规微生物检测（Conventional microbiological tests，CMTs）、BALF 和血液的 DNA + RNA 宏基因组二代测序（Metagenomic next - generation sequencing，mNGS）以及 PBMC 的 RNA 测序；三是数据分析，运用多种生物信息学方法对测序数据进行分析，并通过统计学方法比较不同组间的差异。
研究结果如下：
- 患者基线特征：共纳入 89 例患者，其中 32 例 SCAP 患者在 30 天内死亡。SCAP（死亡）组患者年龄更大，过敏史、合并症和脑血管疾病的发生率更高，且更常使用无创机械通气。
- 实验室检查结果：随着 CAP 严重程度增加，白细胞计数、中性粒细胞计数等指标先升高后降低，淋巴细胞计数和总蛋白持续下降。同时，一些指标如纤维蛋白降解产物（Fibrin degradation products，FDP）、D - 二聚体等与 CAP 严重程度和不良预后呈正相关。
- 病原体检测结果：BALF mNGS 在检测细菌、真菌和 DNA 病毒方面表现更优，尤其在 SCAP 患者中。不同诊断方法检测出的病原体谱在轻度 CAP、SCAP（幸存者）和 SCAP（死亡）患者中存在差异。Pneumocystis jirovecii、Candida albicans 等微生物与不良预后相关。
- 转录组分析结果：SCAP（死亡）与轻度 CAP 患者相比，有 431 个差异表达基因（Differentially expressed genes，DEGs）。OTOF、MS4A4A 等基因可能是预测 SCAP 严重程度和不良预后的潜在生物标志物。基因本体（Gene Ontology，GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集分析以及基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）揭示了免疫和代谢通路在 SCAP 中的重要作用。
研究结论和讨论部分指出，BALF mNGS 在病原体检测方面优于血液 mNGS，且其检测细菌的效率受疾病严重程度影响，因此推荐 BALF mNGS 与 CMTs 联合用于 SCAP 诊断。微生物组生物标志物如 P. Jiroveci、C. striatum 等，以及转录组生物标志物如 OTOF、MS4A4A 等与 SCAP 不良预后相关。GSEA 和传统 GO/KEGG 分析确定了 SCAP（死亡）患者关键的免疫和代谢失调通路，这些发现为个性化治疗提供了分子病理学基础，有助于提高对 SCAP 的认识和治疗水平，对改善患者预后具有重要意义。
