基于 X 射线成像的大西洋鲑稚鱼个体采食量及效率遗传分析

【字体: 时间:2025年05月19日 来源:Aquaculture 3.9

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  为解决大西洋鲑饲料效率(FE)个体水平研究缺乏及个体采食量(IFI)测量难题,研究人员利用 X 射线成像结合 YOLO-XBeads 模型,分析 IFI、FCR、pRFI、gRFI 等性状遗传参数及相关性。发现相关性状具遗传性,为育种提供依据。

  
在水产养殖领域,饲料成本占据大西洋鲑养殖的重要份额,提升饲料效率(Feed Efficiency, FE)是降低成本、减少环境影响的关键。然而,长期以来,大西洋鲑个体水平的饲料效率研究面临重大瓶颈 —— 缺乏精准测量个体采食量(Individual Feed Intake, IFI)的有效方法。传统养殖环境中,鱼群密集游动、可视性差,难以追踪个体摄食情况,导致饲料转化率(Feed Conversion Ratio, FCR)、表型剩余采食量(Phenotypic Residual Feed Intake, pRFI)、遗传剩余采食量(Genetic Residual Feed Intake, gRFI)等关键 FE 指标的遗传参数及与生长性状的关联研究进展缓慢。尽管部分研究尝试通过间接选择生长速率或脂肪沉积等性状改善 FE,但结论存在争议,亟需直接针对个体 IFI 和 FE 的遗传学分析。

为突破这一困境,挪威 MOWI 育种群体的研究人员开展了一项创新性研究,相关成果发表在《Aquaculture》。研究旨在通过技术创新与遗传分析,揭示大西洋鲑个体 FE 及生长性状的遗传规律,为高效育种提供科学依据。

研究采用的关键技术包括:

  1. X 射线成像技术:对 700 尾摄食含放射不透明珠饲料的大西洋鲑稚鱼进行多时间点成像,获取个体消化道内的珠粒图像以量化 IFI。
  2. YOLO-XBeads 深度学习模型:基于 YOLOv5 预训练模型,针对 X 射线图像中的珠粒检测与计数进行微调,实现 IFI 的自动化精准评估。
  3. 遗传参数估计与相关性分析:利用统计模型计算 IFI、FCR、pRFI、gRFI、体重(Body Weight, BW)、平均日增重(Average Daily Gain, ADG)、全身体脂(Whole-Body Fat, WBF)等性状的遗传力(h2),并分析性状间的表型和遗传相关性(r?)。

研究结果


1. YOLO-XBeads 模型的有效性验证


通过 X 射线图像训练的 YOLO-XBeads 模型表现卓越,检测结果与真实值的决定系数(R2)达 0.99,平均绝对百分比误差为 2.60%–5.94%。相较于传统图像软件和人工计数,该模型分析效率提升两个数量级,显著降低了时间、人力和成本投入。

2. 关键性状的遗传参数


  • IFI:遗传力为 0.20±0.05–0.50±0.07,表明个体间采食量差异受遗传因素显著影响。
  • 生长性状(ADG、BW):遗传力分别为 0.44±0.06–0.55±0.06 和 0.50±0.06–0.55±0.06,显示强遗传性。
  • FE 指标(pRFI、gRFI、FCR):遗传力较低(pRFI:0.11±0.05–0.16±0.07;gRFI:0.06±0.03–0.18±0.06;FCR:0.09±0.04–0.23±0.06),但仍存在可遗传变异。
  • WBF:遗传力高达 0.62±0.06,提示脂肪沉积的遗传调控潜力。

3. 性状间的遗传相关性


  • IFI 与生长性状:IFI 与 ADG、BW 的遗传相关性强(rg=0.71±0.07–0.96±0.01),表明 ADG 可解释 IFI 遗传变异的较大比例。
  • FE 指标内部关联:不同 FE 指标间遗传相关性极高(rg=0.86±0.05–0.99±0.01),暗示共享遗传调控机制。
  • FE 与 WBF 的关系:WBF 与 IFI、BW、ADG 呈中等遗传相关(rg=0.52±0.09–0.64±0.07),但 FE 指标与 ADG、WBF 的遗传相关性较弱(rg=0.00±0.21–0.38±0.17;rg=?0.03±0.18–0.21±0.19),提示通过选择生长或脂肪沉积间接改善 FE 的效果有限。

结论与讨论


本研究首次通过 X 射线成像与深度学习模型的结合,建立了大西洋鲑个体 IFI 的高效测量体系,突破了传统方法的技术壁垒。研究证实,IFI、FE 及生长性状在个体水平具显著遗传性,且 FE 指标与生长性状的遗传关联存在特异性:尽管 IFI 与生长高度相关,但独立于生长的 pRFI 和 gRFI 变异仍存在,表明可通过直接选择 FE 指标实现遗传改良,而无需完全依赖生长性状的间接选择。此外,WBF 与生长性状的中等相关性提示其在育种中需综合考量。

研究结果为大西洋鲑育种提供了关键科学依据:通过靶向 IFI 和 FE 指标的直接选择,有望在维持生长性能的同时提升饲料利用效率,降低养殖成本与环境负荷。值得注意的是,本研究聚焦淡水稚鱼阶段,后续需进一步验证海水阶段的遗传规律,以完善全养殖周期的育种策略。

该研究不仅为水产养殖的精准育种提供了新工具(YOLO-XBeads 模型)和新思路,也为其他水生动物的 FE 研究提供了方法学借鉴,推动了遗传分析与数字技术在水产领域的深度融合。

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