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针对甘蓝型油菜抗根肿病基因资源匮乏问题,研究人员开展其 β- 葡萄糖苷酶(BGLUs,属糖基水解酶家族 1,GH1)家族基因组分析。鉴定出 131 个 BnaBGLU 基因,发现 BnaBGLU27.C08 过表达可增强拟南芥抗根肿病能力,为抗病育种提供候选基因。
根肿病如同油菜生长过程中的 “隐形杀手”,严重威胁着甘蓝型油菜这一全球重要油籽作物的产量与品质。这种由芸薹根肿菌(Plasmodiophora brassicae)引发的病害,会导致植株矮化、水肥吸收受阻,甚至死亡,全球 60 多个国家均有发生,严重时可造成超过 60% 的产量损失。然而,传统的农药防治手段不仅面临环境污染风险,效果也难以持久,因此挖掘抗根肿病基因、培育抗病品种成为当务之急。在此背景下,西北农林科技大学的研究人员聚焦于 β- 葡萄糖苷酶(BGLUs,属于糖基水解酶家族 1,GH1)这一在植物生长发育和胁迫响应中起关键作用的基因家族,开展了甘蓝型油菜中 BGLU 家族基因的系统性研究,相关成果发表在《BMC Genomics》。
为揭开甘蓝型油菜 BGLU 家族基因的神秘面纱,研究人员采用了一系列关键技术方法。首先通过 BLASTP 和 HMMER 搜索,结合 NCBI 保守结构域搜索(CDD)和 FGENESH 程序校正开放阅读框(ORF),从甘蓝型油菜、白菜和甘蓝中鉴定出 BGLU 家族基因;利用 MUSCLE 和 IQ-TREE 构建系统发育树,分析基因进化关系;借助 ProtParam 和 PROSITE 预测蛋白理化性质和亚细胞定位;运用 MEME 和 InterPro 分析保守基序和结构域;通过 MCScanX 进行基因复制和共线性分析;利用 PlantCARE 挖掘启动子区顺式作用元件;基于 BnIR 数据库和 NCBI 的 RNA-seq 数据,分析基因在不同组织、激素处理及胁迫条件下的表达模式;最后通过构建过表达载体,利用农杆菌介导的浸花法转化拟南芥,验证目标基因功能。
基因鉴定与进化分析
研究从甘蓝型油菜中成功鉴定出 131 个 BGLU 基因(BnaBGLU),并将其分为 11 个亚家族。与二倍体祖先白菜(83 个)和甘蓝(95 个)相比,甘蓝型油菜的 BGLU 基因数量明显减少,暗示在进化过程中发生了基因丢失,尤其是亚家族 V,这可能与油菜低硫代葡萄糖苷(GSL)育种选择有关。系统发育树显示,亚家族 VII 基因数量最多(28 个),亚家族 IX 和 XI 最少(各 4 个),其中亚家族 XI 缺乏水解酶活性,凸显了家族内的功能分化。
基因结构与保守性分析
保守基序分析发现,92.4% 的 BnaBGLU 蛋白含有基序 13,基序 1、6、8、9 也广泛存在,且同一亚家族具有相似的基序模式,提示功能保守性。所有蛋白均含有糖基水解酶 1 结构域(Glyco_hydro_1),部分蛋白还携带 ALG3、BCIP 等额外结构域,暗示基因片段插入可能导致结构变异。基因结构显示,外显子数量从 6 到 20 不等,其中 13 外显子结构最为常见,亚家族内结构相似性高,进一步支持功能相关性。
基因复制与调控元件
基因复制分析表明,片段复制是 BnaBGLU 家族扩张的主要驱动力,共鉴定出 83 对片段复制基因和 5 对串联复制基因。启动子区顺式作用元件分析显示,除基本的 TATA 盒和 CAAT 盒外,还富含光响应元件(如 G-box)、激素响应元件(如 ABRE、AuxRE)和胁迫响应元件(如 MBS、LTR),表明 BnaBGLUs 可通过多途径响应环境刺激。
表达模式与功能验证
组织特异性表达分析显示,BnaBGLUs 呈现广泛且特异的表达模式。例如,BnaBGLU46.A01B 和 BnaBGLU23.C05A 仅在根中表达,而 BnaBGLU19.A01 特异表达于种子。激素处理和非生物胁迫(盐、干旱、冷热等)实验表明,多个基因对不同处理产生显著响应,如 BnaSFR2 在低温下上调表达,类似拟南芥中的抗冻功能。在根肿菌胁迫下,抗病品种中 BnaBGLU27.C08 在接种后 96 小时显著上调,而感病品种中表达下降。过表达该基因的拟南芥植株根肿病指数显著降低,病原菌生物量减少,证实其抗根肿病功能。
互作网络与共表达分析
蛋白质互作网络预测显示,BnaBGLU27.C08 与多个 BGLU 蛋白相互作用,涉及氰基氨基酸代谢和松柏苷 β- 葡萄糖苷酶活性。共表达分析表明,其同源基因 AtBGLU27 的共表达基因富集于缺氧响应、先天免疫和次生代谢(如卡马莱辛合成)通路,暗示 BnaBGLU27.C08 可能通过调控次生代谢增强抗病性。
这项研究首次全面解析了甘蓝型油菜 BGLU 家族基因的特征,揭示了其在根肿病抗性中的重要作用,特别是 BnaBGLU27.C08 作为潜在抗病基因的功能验证,为油菜抗根肿病分子育种提供了宝贵的基因资源和理论依据。同时,研究中发现的基因复制机制、表达调控模式及互作网络,也为深入理解 GH1 家族在植物逆境响应中的复杂功能奠定了基础。未来,结合酵母双杂交等实验验证蛋白互作,并进一步解析其调控通路,将有助于推动油菜抗病分子机制的研究与应用。