COVID-19康复后肠道真菌群纵向变化及其与肺部后遗症的关联研究

这篇前瞻性研究通过2年纵向追踪34例COVID-19康复者，首次揭示肠道真菌群（mycobiota）的动态重建过程及其与肺功能恢复的显著关联。采用ITS3-4测序技术发现：急性期真菌多样性（Chao1/Shannon指数）显著降低，念珠菌属（Candida）富集而曲霉属（Aspergillus）减少；6个月后多样性基本恢复，但2年随访仍存在汉逊酵母（Hanseniaspora）等特异性菌群改变。关键发现显示特定真菌属与肺功能参数（PEF/DLCO）呈负相关，而毕赤酵母（Pichia）等菌群富集者CT异常率更低，为肠道-肺轴机制研究提供新靶点。

　　

ABSTRACT
COVID-19相关肺部后遗症日益受到关注。新兴证据表明肠道菌群失调可能与急性后COVID-19综合征（PACS）相关，但肠道真菌群与肺部后遗症的具体联系尚不明确。研究团队对46例COVID-19患者和37例健康对照开展前瞻性研究，在入院时、出院后6个月、1年和2年进行肠道真菌群ITS3-4测序分析。2年随访时同步进行肺功能测试和胸部CT扫描。结果显示：虽然肺功能整体保存良好，但小部分患者2年后仍存在影像学异常。急性期真菌丰富度（Chao1/Shannon指数）显著低于对照组，6个月后逐渐恢复正常。念珠菌属在急性期升高，6个月后恢复至对照水平。2年随访时，汉逊酵母、伊萨酵母（Issatchenkia）和土星孢酵母（Saturnispora）增加，而曲霉属、青霉属（Penicillium）和红酵母属（Rhodotorula）减少。值得注意的是，毕赤酵母、拟酿酒酵母（Saccharomycopsis）和枝孢菌（Cladosporium）在无CT异常患者中显著富集。肺功能与特定真菌属存在显著相关性，如汉逊酵母与PEF呈负相关，土星孢酵母与DLCO呈负相关。

INTRODUCTION
COVID-19大流行对全球健康产生深远影响。随着SARS-CoV-2变异株（Alpha/Delta/Omicron）毒力减弱，研究重点转向康复过程及PACS机制探索。肺部作为SARS-CoV-2主要靶器官，长期后遗症包括持续症状、影像学异常、肺功能损伤乃至肺纤维化。前期研究发现50%患者出院1年后仍存在CT异常，以磨玻璃影和网状改变为主。肠道作为ACE2高表达器官，其菌群失调可能通过"肠-肺轴"影响呼吸系统。尽管细菌群落研究较多，但真菌群落（mycobiota）在COVID-19康复中的作用鲜有报道。

MATERIALS AND METHODS
研究纳入2020年2-3月浙江大学医学院附属第一医院出院的34例患者，匹配36例健康对照。按中国COVID-19诊疗方案（第7版）分型，67.6%为重症/危重症。采集入院时及随访期粪便样本，56°C灭活病毒后使用PowerSoil Pro Kit提取DNA，ITS3-4区扩增后在Illumina MiSeq平台测序。肺功能测试采用SensorMedics Vmax系统，DLCO等参数以预测值百分比表示。统计使用SAS 9.4软件，α多样性比较采用Mann-Whitney U检验。

RESULTS

1. 临床特征：中位年龄49岁，70.6%为男性。2年随访时，7/15例患者仍存在CT异常，该组入院延迟更长（6天 vs 3.5天，P=0.037）。肺功能测试显示仅5.5%存在DLCO<80%预测值，较6个月时（30.3%）显著改善。

2. 真菌群动态：急性期α多样性显著降低（Chao1指数25.4±13.2 vs 52.3±31.3），6个月后恢复。NMDS分析显示急性期群落结构与对照组差异显著（ANOSIM R=0.3632，P=0.001）。属水平上，急性期念珠菌属相对丰度达15.6%（对照组3.1%），6个月后降至4.3%；曲霉属则从急性期1.9%升至2年时的5.8%。

3. 关键发现：LEfSe分析鉴定出2年随访组17个差异菌属，其中汉逊酵母（LDA=4.32）、土星孢酵母（LDA=3.89）显著富集。无CT异常组毕赤酵母丰度高出3.7倍（P=0.038）。相关性分析显示汉逊酵母与PEF（R=-0.42，P<0.05）、土星孢酵母与DLCO（R=-0.38，P<0.05）呈负相关。

DISCUSSION
本研究首次系统描绘COVID-19后肠道真菌群2年重建轨迹：

1. 与细菌群落不同，真菌多样性在6个月内快速恢复，可能与孢子抗逆性有关；
2. 急性期念珠菌富集印证了COVID-19相关念珠菌血症的肠道起源假说；
3. 汉逊酵母等发酵相关菌属的持续富集，提示肠道微环境酸化可能影响肺功能；
4. 毕赤酵母的保护作用可能与其调节代谢（如增加HDL-C）的特性相关。

这些发现为PACS的微生物诊断标志物开发提供新思路，未来需扩大样本验证不同变异株的影响。研究局限性包括单中心设计、未分析病毒载量与菌群动态关系等。

ACKNOWLEDGMENTS
研究受国家重点研发计划（2021YFC2301804）和国家自然科学基金（32270068）资助。