六种梨属植物微型反向重复转座元件(MITEs)的全基因组注释与比较分析揭示其作为miRNA起源的关键作用

来自国内的研究人员通过对六种梨属植物基因组的全方位比较分析，系统研究了微型反向重复转座元件(MITEs)的分布特征与功能影响。研究发现MITEs不仅是基因组多样性的重要驱动力，更作为microRNA(miRNA)的主要来源（占比75%），其中拷贝数被机器学习证实为MITE-miRNA转化的最关键特征。该研究为理解转座元件在基因组进化中的调控机制提供了新视角。

　　

这项突破性研究对六个梨品种——包括‘砀山酥梨’(Pyrus bretschneideri
)、‘巴梨’(P. communis
)、‘二十世纪’与‘翠冠’梨(P. pyrifolia
)、‘中爱1号’(P. ussuriensis
)以及‘杜梨’(P. betulifolia
)——进行了微型反向重复转座元件(Miniature Inverted-repeat Transposable Elements, MITEs)的系统解码。

研究团队从高质量基因组中精准捕获了12,759个完整MITEs，分属750个家族。通过序列多样性"侦探工作"，发现这些"基因组跳跃者"曾经历1-2次爆发式扩增。令人惊讶的是，10,368个MITEs在六种梨中保持共线性，暗示其古老的进化起源。

这些"分子寄生虫"偏爱驻扎在基因上游区域，像"基因开关"一样调控着1,832个基因的表达。更妙的是，研究还修复了4,421个因MITE插入而"失踪"的基因。最激动人心的发现是：75%的microRNA(miRNA)竟源自MITEs！通过机器学习"破译"，发现拷贝数、长度和结构稳定性是MITE变身miRNA的三大"通关密码"。

这项研究不仅绘制了梨属植物MITEs的"基因组地图"，更揭示了转座元件如何通过"分子变形记"成为调控元件，为理解植物基因组进化提供了全新范式。