越南稻瘟病病原体Burkholderia glumae与B. gladioli全基因组测序揭示其遗传多样性及抗性基因特征

来自越南的研究人员针对水稻细菌性穗枯病(BPB)这一全球性病害，通过对湄公河三角洲地区分离的3株Burkholderia glumae和4株B. gladioli进行纳米孔测序，获得7个高质量基因组。研究首次报道了越南菌株携带四环素和苯扎氯铵抗性基因的染色体特征，为东南亚地区BPB防控提供重要分子依据。

　　

水稻细菌性穗枯病(Bacterial Panicle Blight, BPB)作为全球水稻主要病害，其病原体Burkholderia glumae和B. gladioli在越南湄公河三角洲地区的遗传特征首次被系统揭示。研究人员于2024年5-7月采集病穗样本，通过King's B培养基分离获得7株菌株，采用牛津纳米孔MinION测序平台(FLO-MIN114流动池)进行长读长测序，Dorado 0.7.2软件进行超精确碱基识别(质量值Q≥8)。

基因组组装显示：B. gladioli菌株含两条环状染色体(总长8.23 Mbp)，而B. glumae则呈现1条环状染色体加1-2条线性contig的特殊结构。所有菌株均携带54.7-245.2 kb的质粒，通过NCBI PGAP 6.9注释发现6,108-7,348个基因。值得注意的是，基于抗性基因鉴定系统(Resistance Gene Identifier)的分析表明，这些越南分离株染色体上普遍存在tetA(四环素抗性)和bc1(苯扎氯铵抗性)基因。

研究采用Mash 2.1.1算法进行基因组相似性分析，发现B. glumae与模式菌株ATCC 33617的相似度达99.3%-99.7%，而B. gladioli与参考株BBB-01的相似度为98.0%-98.1%。通过BUSCO 5.8.0评估显示基因组完整度超过95%，其中菌株HG_1的测序深度达57X，获得4条完整环状序列(包括2条染色体和2个质粒)。这些数据为解析东南亚地区BPB病原体的进化机制和抗药性传播提供了重要分子基础。