埃塞俄比亚霍乱暴发相关霍乱弧菌(Vibrio cholerae)基因组草图测序：揭示流行株特征与防控新线索

来自埃塞俄比亚的研究团队针对该国反复暴发的霍乱疫情，完成了33株O1型霍乱弧菌(V. cholerae)临床分离株的基因组测序。研究采用Illumina NextSeq 550平台(2×150 bp)获得高质量数据，基因组覆盖度>98%，平均深度>30×，首次系统揭示了当地流行株的基因组特征(GC含量47.07%/46.9%)，为非洲霍乱防控提供了关键分子流行病学数据。

　　

在撒哈拉以南非洲持续暴发的霍乱疫情中，埃塞俄比亚2015-2024年间累计报告27.5万病例，其中2022年8月至2023年9月就出现23,449例感染。科研人员从415份粪便样本中分离出33株霍乱弧菌(V. cholerae)，通过血琼脂(BAP)、麦康凯琼脂(MAC)和硫代硫酸盐-枸橼酸盐-胆盐-蔗糖琼脂(TCBS)培养，结合氧化酶试验和革兰染色确认。

采用QIAamp DNA Mini Kit提取基因组DNA，经Illumina DNA Prep建库后，在NextSeq 550平台进行双端测序(2×150 bp)。原始数据经FASTQC v0.12.1质控，Trimmomatic v0.39去接头，kraken2(V2)去污染后，与参考菌株N16961(染色体1: NC_002505.1；染色体2: NC_002506.1)比对，获得>30×测序深度。

33株菌株的基因组分析显示：染色体1/2平均覆盖度99.5%/98.1%，GC含量稳定在47.07%/46.9%。其中样本ACH-26测序数据量最大(15,803,696 reads)，染色体1深度达720×。研究首次将埃塞俄比亚霍乱弧菌基因组数据提交NCBI，包含原始数据(SRR32238366等)和生物样本(SAMN46560025等)编号，为追踪毒力基因进化提供了重要资源。

该研究由Armauer Hanssen研究所(AHRI)主导，得到生物与新兴技术研究所(BETin)资助，贡达尔大学和德布雷马科斯大学协助样本采集。测序数据揭示的基因组特征，将助力开发针对非洲流行株的特异性检测方法和疫苗。