亚洲起源假说新证：全基因组解析揭示土拉弗朗西斯菌亚种holarctica的进化起源与全球传播路径

针对土拉弗朗西斯菌亚种holarctica起源争议，研究人员通过395株全基因组测序(WGS)构建系统发育树，结合BactDating时间校准和canSNP分析，首次提出该亚种可能起源于亚洲/中国，B.16分支较其他分支早分化约1002年，为全球疫情监测提供了进化框架。

　　

土拉菌病（Tularaemia）是由土拉弗朗西斯菌（Francisella tularensis）引起的人畜共患病，其亚种holarctica在北极圈广泛分布，但起源争议持续数十年——早期假说认为源于北美或斯堪的纳维亚，而亚洲样本的缺乏导致关键证据缺失。更棘手的是，这种被列为生物威胁病原体的细菌具有极端传染性，厘清其进化史对全球公共卫生防御至关重要。

中国的研究团队在《Journal of Infection and Public Health》发表的研究，通过整合中国本土菌株与全球数据库的395个全基因组序列(WGS)，运用最大似然法构建系统发育树，结合BactDating时间校准和canSNPer分型技术，揭示了颠覆性结论：亚洲/中国可能是holarctica亚种的"摇篮"。

关键技术方法
研究采用Snippy v4.6.0从WGS中识别8,526个核心基因组SNP，经Gubbins过滤重组区域后，用FastTree 2.1.10构建最大似然树。BactDating 1.0.2基于严格分子钟模型估算分化时间，中国10株菌株通过15个canSNP标记分型，新型B.316分支通过SCHU S4参考基因组864194位点SNP验证。

Estimation of ancestral dates on phylogenetic trees
时间校准系统发育树显示：四大分支最近共同祖先(MRCA)可追溯至公元前2276年，而B.16分支在公元291年即已分化，较姐妹分支B.4/B.6/B.12早约1002年。中国菌株T01与土耳其PHIT-FT049共享385个SNP，形成独立于日韩菌株（含732个SNP）的进化支。

Phylogeny within the Most Basic B.16 Clade
B.16内部分化出含254个特异性SNP的B.217分支（中国T01与土耳其株）和含375个SNP的B.218分支（日韩株）。中国菌株410108/109/111被划归新发现的终端分支B.316，澳大利亚株FT7也归属B.217分支。

Geographical Distribution of B.4, B.6, B.12, and B.16
全球分布图谱揭示：B.16仅见于亚洲及土耳其、澳大利亚；B.12遍布欧亚16国却缺席北美；中国是唯一同时存在四大分支的国家。俄罗斯境内B.4/B.6/B.12共存现象暗示欧亚大陆可能为次级分化中心。

Global Distribution of Four Terminal Subclades Assigned to China
源自中国的B.11分支（对应法国FTNF002-00）广泛分布于西欧，而B.20分支集中于北欧。B.4呈现双向扩散——西进北欧、东抵北美，印证"亚洲→欧亚→欧洲/北美"的传播假说。

这项研究通过时空进化分析重构了holarctica亚种的"生命史"：约4300年前起源于亚洲/中国，B.16分支作为"活化石"留存至今，而B.2分支（含B.4/B.6/B.12）约公元1293年才开始全球征服。中国西藏、新疆四大分支共存的独特现象，以及土耳其-俄罗斯-保加利亚"三角地带"的高多样性，为理解病原体跨大陆传播提供了双重地理坐标。值得注意的是，近期澳大利亚B.16菌株的发现暗示南半球可能存在未知进化谱系，这将推动未来监测网络的扩展。该成果不仅终结了长达20年的起源之争，更为精准溯源疫情爆发提供了分子路标——例如B.316分支SNP可作为中国特有流行株的遗传标记。