芬兰两次肉鸡大肠杆菌病暴发中禽致病性大肠杆菌的基因组流行病学研究

本研究针对芬兰2015年和2021年两次肉鸡大肠杆菌病（Colibacillosis）暴发，通过PCR分型和全基因组测序（WGS）技术，揭示了禽致病性大肠杆菌（APEC）的克隆传播特征。研究发现，两次暴发分别由ST117 O78:H4/O53:H4和ST23 O78:H4克隆谱系主导，并通过垂直传播扩散至北欧多国。该研究为APEC暴发的快速检测（PCR分型）和精准溯源（WGS）提供了方法学支持，强调了国际协作在防控人畜共患病原传播中的重要性。

　　

禽致病性大肠杆菌（Avian Pathogenic Escherichia coli, APEC）是导致家禽大肠杆菌病（Colibacillosis）的主要病原体，其暴发对全球养禽业造成严重经济损失。传统观点认为APEC是机会性致病菌，但近年研究发现某些高毒力克隆谱系可通过垂直传播引发跨国暴发。芬兰2015年和2021年两次大规模肉鸡死亡事件，为揭示APEC的传播机制提供了关键案例。

芬兰食品管理局与赫尔辛基大学的研究团队对两次暴发中375株（2015年）和217株（2021年）APEC分离株进行了系统研究。通过PCR分型（检测8个毒力基因、O血清型和系统发育群）和全基因组测序（WGS），结合核心基因组多位点序列分型（cgMLST）和单核苷酸多态性（SNP）分析，揭示了病原体的遗传特征和传播路径。

Sampling of birds and flock characteristics
研究纳入2015年64个养殖场和2021年91个养殖场的病例，采集病鸡骨髓分离APEC。2015年暴发中鸡群死亡高峰出现在8日龄，而2021年延迟至22日龄，提示毒力谱系可能存在差异。

Characteristics of broilers suffering from colibacillosis
PCR分型发现2015年暴发由两种优势型（ST117 O78:H4和ST117 O53:H4）主导，2021年则由ST23 O78:H4主导。这些克隆谱系分别覆盖73%和81%的发病鸡群，显示强传播性。

Discussion
基因组分析证实三次暴发对应三个独立克隆谱系，且与北欧其他国家分离株高度同源。流行病学追踪发现所有发病鸡群均源自共同祖代种鸡，证实APEC可通过种蛋垂直传播。

Conclusions
该研究首次系统证明高毒力APEC克隆谱系能跨国传播，颠覆了传统机会性致病的认知。建立的PCR-WGS联合检测体系为暴发预警提供技术支撑，研究成果发表于《Veterinary Microbiology》，为完善全球禽病防控网络提供科学依据。