不同产地珊瑚菜叶绿体基因组特征的差异性研究

　　

摘要：

目的 研究不同产地珊瑚菜（Glehnia littoralis）的叶绿体基因组的特征及其系统发育关系，从细胞器基因组角度揭示珊瑚菜物种内的遗传变异和群体分化，为其新品种选育和种质资源保护提供遗传学基础。 方法 对产自福建的珊瑚菜叶绿体基因组进行了组装和注释，随后对6个来自不同产地样本的叶绿体基因组进行比较分析，研究其基因组结构、重复序列分布、密码子使用偏好、核苷酸多态性、基因组边界特征以及系统发育关系，探讨不同产地珊瑚菜之间的遗传多样性和适应性进化特征。 结果 6个叶绿体基因组均呈典型的双链环状四分体结构，基因组长度为147 445-147 552 bp，GC含量为37.51%-37.52%，结构高度保守。均注释出129个基因，包括85个蛋白编码基因，8个核糖体RNA和36个转运RNA。SSR数量在77-79之间，共包含6种类型，以A/T类型为主。密码子使用分析表明，编码精氨酸的密码子中福建和中国台湾产地的珊瑚菜倾向于使用的CGA，而深圳和浙江产地的珊瑚菜更偏好CGT。基因组边界特征基因具有一定的保守性，差异主要位于JLB和JLA边界。核苷酸多态性分析共检测出24个的多态性区域。系统发育分析表明，产于韩国的珊瑚菜在演化上独立于其他样本，中国台湾产地与其余地区样本分化最早，显示出独特的遗传特征；福建产地随后分化，深圳和浙江样本形成一个小分支。 结论 不同产地珊瑚菜在叶绿体基因组结构特征保守，但在密码子使用、基因组边界及核苷酸多态性等方面存在一定变异，系统发育分析表明其群体间存在遗传分化，反映了其适应性进化特征。