韩国肉鸡新型点状肝炎病例中大肠杆菌与免疫抑制条件共感染的宏基因组学诊断与分析

本研究针对韩国肉鸡养殖场出现的新型点状肝炎病例，通过传统诊断与宏基因组测序技术相结合，成功鉴定出抗原变异型传染性法氏囊病病毒(IBDV-G2d)与多重致病型大肠杆菌(E. coli)的共感染机制。研究人员发现肝脏病变与禽致病性大肠杆菌(APEC)毒力因子及多种潜在病原体相关，证实宏基因组分析可作为常规诊断的有效补充，为家禽疾病管理提供了新的技术路径。该成果发表于《BMC Veterinary Research》，对解决临床诊断中病原体漏检难题具有重要意义。

　　

在现代化家禽养殖业中，疾病的快速准确诊断始终是行业面临的重大挑战。传统诊断方法依赖病理观察结合分子检测，但当遇到新型病变或混合感染时，往往难以全面识别致病因素。韩国某养殖场爆发的肉鸡点状肝炎病例正是这样的典型——病鸡出现特征性肝脏出血点、纤维素性肝周炎，伴随高达1.5%的死亡率，常规检测仅分离到大肠杆菌(E. coli)，却无法解释特殊的肝脏病理特征。这一困境促使动物植物检疫局的研究团队采用创新的宏基因组测序技术，深入探究这一复杂病例的病原学本质。

研究团队对11只29日龄病鸡进行了系统的诊断评估。通过病理学检查发现，病鸡肝脏呈现显著的点状出血和肝细胞坏死，法氏囊出现淋巴细胞减少等免疫抑制特征。虽然传统方法检测到传染性法氏囊病病毒(IBDV)、禽腺病毒(FAdV)等病原体，但均未在肝脏中检出。宏基因组测序技术在此展现出独特优势——分析显示肝脏微生物组中细菌占比高达90.9%，其中大肠杆菌(E. coli)占绝对优势(58.8%)，同时检测到低丰度的禽内源性逆转录病毒(EAV-HP)和镰刀菌(Fusarium)等潜在致病因子。通过毒力因子分析，研究人员鉴定出83个与大肠杆菌致病性相关的基因，涵盖黏附、侵袭、铁摄取等多个致病环节，证实该菌株同时具备禽致病性大肠杆菌(APEC)和肠道致病性大肠杆菌(IPEC)的遗传特征。

关键技术方法包括：1) 对病鸡进行系统病理学检查；2) 采用VITEK II系统进行细菌分离鉴定；3) 针对IBDV、FAdV等病毒进行RT-PCR检测；4) 使用Illumina Nextseq2000平台开展宏基因组测序；5) 通过Kraken2和Bracken进行物种分类；6) 利用VFDB数据库分析毒力因子。

研究结果部分揭示：
【病例呈现】病理解剖显示特征性肝脏点状出血和肝周炎，组织学检查发现肝窦充血、细菌集落浸润等病变。

【病原鉴定】传统方法仅分离到大肠杆菌，而宏基因组分析揭示微生物组复杂构成，其中大肠杆菌占主导地位。

【毒力分析】鉴定出83个毒力因子，包括黏附因子(csgB-G)、铁摄取系统(iucABCD)等，显示多重致病型特征。

讨论部分指出，这是首例报道的与抗原变异型IBDV-G_2d和大肠杆菌共感染相关的肉鸡点状肝炎病例。研究证实免疫抑制条件下，多重致病型大肠杆菌可引发非典型肝脏病变。宏基因组技术不仅弥补了传统诊断的不足，还首次揭示家禽肝脏中可能存在肠道致病性大肠杆菌(如产EAST-1肠毒素的菌株)的异位感染现象。该发现为家禽混合感染的诊断提供了新思路，建立的宏基因组分析流程可推广应用于其他动物疾病的病原筛查。值得注意的是，研究中检测到的低丰度病原体虽未直接致病，但其在免疫抑制状态下的协同作用仍需进一步探究。这项工作为完善家禽疾病防控体系提供了重要科学依据，展现了组学技术在兽医诊断领域的应用前景。