加州地松鼠(Otospermophilus beecheyi)染色体水平基因组组装:社会行为与蛇毒抗性研究的分子基础

【字体: 时间:2025年07月04日 来源:Journal of Heredity 3.0

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  研究人员针对加州地松鼠(Otospermophilus beecheyi)这一新兴模式物种,完成了染色体水平的基因组组装(2.27 Gb,N50>125 Mb),通过BUSCO v5检测到10,248个完整基因,并与其它松鼠科物种进行共线性分析,揭示了基因组融合/分裂事件。该研究为解析社会行为、风险决策及蛇毒抗性(Venom resistance)的遗传机制提供了关键分子工具,推动哺乳动物比较基因组学与进化生物学研究。

  

作为教科书级的哺乳动物研究物种,加州地松鼠(Otospermophilus beecheyi)因其独特的社会行为策略和蛇毒抗性机制备受关注。科研团队成功构建了该物种的染色体水平基因组框架——总长2.27 Gb的序列被组装成9960个重叠群(contigs)并锚定至1383个支架(scaffolds),其中支架N50突破125兆碱基。通过BUSCO v5评估体系检测到10,248个完整基因,这些基因成为比较基因组学研究的关键锚点。

当研究者将加州地松鼠的染色体支架与其它两种松鼠科啮齿类进行比对时,共线性(synteny)分析揭示了有趣的进化事件:相较于近缘物种,该基因组存在多次融合(fusion)与分裂(fission)的染色体重塑现象。这些发现不仅为理解地松鼠社会行为(Risk-sensitive behaviors)和蛇毒抗性(Venom resistance physiology)的分子基础开辟新途径,其高质量的基因组资源更将成为种群遗传学(Population genetics)、适应性进化(Adaptive evolution)和哺乳动物比较生物学研究的基石。

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