日本农业土壤中分离的Kitasatospora sp. CMC57与Streptomyces sp. CMC78全基因组测序及分类学意义解析

来自日本的研究团队针对稀有放线菌资源开发难题，通过高通量测序技术解析了农业土壤中分离的Kitasatospora sp. CMC57和Streptomyces sp. CMC78近完成图基因组。研究采用Nanopore和MGISEQ双平台测序，获得线性染色体和环状质粒的完整特征（GC含量71.7%，编码基因6,383-7,380个），并通过ANI分析确认其与模式菌株K. gansuensis（92.61%）和S. griseus（98.34%）的进化关系，为放线菌次级代谢产物挖掘提供重要遗传资源。

　　

这项研究揭示了日本农业土壤中两种特殊放线菌的基因组奥秘。科研人员从兵库县和茨城县的冲积土中，通过10⁶倍稀释法在羧甲基纤维素琼脂平板上分离得到Kitasatospora sp. CMC57和Streptomyces sp. CMC78菌株。

基因组测序采用牛津纳米孔技术(Nanopore)和华大智造(MGISEQ)双管齐下：Nanopore平台产生超长读长（N50达15,487bp），MGISEQ提供150bp双端短读长。经过Flye组装和Medaka抛光，CMC57获得7.07Mb线性染色体和97.86kb环状质粒，CMC78则得到8.20Mb染色体和9.62kb质粒。这些基因组富含GC（约71.7%），编码6,000-7,000个CDS，并携带大量tRNA（78-108个）和rRNA（18-27个）。

有趣的是，CheckM评估显示基因组完整度高达98.86%-99.91%。通过JSpeciesWS分析发现，CMC57与甘肃北里孢菌(Kitasatospora gansuensis)基因组相似度92.61%，而CMC78与灰色链霉菌(Streptomyces griseus)亲缘关系更近（98.34%）。这些数据为理解放线菌基因组进化提供了新视角，尤其揭示了稀有放线菌与链霉菌属间的遗传桥梁。

研究团队特别致谢横滨GeneBay公司的西泽昭人博士，并透露该成果隶属于日本新能源产业技术综合开发机构(NEDO)资助项目JPNP 21014。这些高质量的基因组数据已存入DDBJ数据库（登录号AP035881-AP035885），为后续次级代谢产物生物合成基因簇挖掘奠定基础。