菲律宾淡水真菌Leptobacillium coffeanum基因组框架揭示生防潜力与生物合成通路

来自菲律宾的研究团队针对具有生物防治价值的淡水真菌Leptobacillium coffeanum，首次完成其基因组测序（总长28.9 Mb，N50 892 kb）。通过Illumina平台结合SPAdes组装和BUSCO评估（完整度98.3%），该研究解析了该菌株的代谢潜能，为开发生物活性物质及农业生防制剂提供关键遗传资源。

　　

专业翻译

研究背景
虫草科（Cordycipitaceae）真菌在生防和生物活性物质合成中具有重要价值。纤枝孢属（Leptobacillium）作为该科新归类的丝孢纲（hyphomycetous）真菌，目前全球记录11种，其典型特征包括产生球状黏性分生孢子头及短椭圆状分生孢子链，在PDA培养基上形成白色绒状菌落。

样本采集与鉴定
该团队从菲律宾保和岛（Bohol）淡水环境获取沉水腐木样本，经ITS区域扩增（引物ITS5/ITS4）和系统发育分析（MAFFT v.7），鉴定为纤枝孢属咖啡种（Leptobacillium coffeanum）。BLASTn比对显示其与共生纤枝孢（L. symbioticum）相似度96.19%，序列已存入GenBank（登录号PV468734）。

基因组测序技术路线

1. 建库测序：使用Illumina NextSeq 1000平台进行双端测序（2×151 bp）
2. 质控流程：FastQC评估 + Trimmomatic过滤（参数：SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:36）
3. 组装评估：SPAdes v.4.0.0组装（k-mer:21-127） → QUAST v.5.2.0统计 → BUSCO v.5.7.1完整性验证（真菌专用数据库fungi_odb10）

基因组特征

• 总长度：28.9 Mb
• 连续序列数：135条
• N50值：892 kb
• GC含量：50.36%
• 关键指标：BUSCO完整度98.3% | 基因组覆盖率100% | 模糊碱基数/100 kbp=0

应用前景
该高质量基因组图谱揭示了L. coffeanum合成生物活性物质的遗传基础，为后续开发新型农用生防制剂及探索真菌-环境互作机制提供核心数据支持。原始数据已公开于NCBI数据库。

技术参数补充

• 测序深度计算：Minimap2 v.2.28 + Samtools v.1.21
• 重复序列屏蔽：RepeatMasker v.4.1.7
• DNA提取试剂盒：Qiagen DNeasy Blood and Tissue Kit