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HOTSPoT模型:基于Transformer的肝脏病理学开源工具实现门管区自动分割新突破
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年07月20日 来源:npj Digital Medicine 12.4
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本研究针对肝脏病理学中人工智能应用局限、现有工具缺乏外部验证等问题,开发了基于Transformer的开源模型HOTSPoT,用于H&E染色肝活检全切片图像中门管区的自动分割。通过多中心223例数据集验证,模型在训练/验证集和测试集的平均Dice分数分别达0.92和0.91,与手动评估结果高度一致(k=0.90)。该工具首次实现门管区面积与纤维化分期的强相关性量化(r=0.87),为肝脏疾病研究提供标准化分析平台。
在数字病理学革命席卷医疗领域的今天,肝脏病理诊断仍面临严峻挑战——传统显微镜分析依赖主观经验,而现有AI工具要么适用范围狭窄,要么缺乏跨机构验证。尤其对于自身免疫性肝炎(AIH)、原发性胆汁性胆管炎(PBC)等罕见肝病,精确评估门管区炎症和纤维化程度对诊疗至关重要,却长期缺乏高效、标准化的分析手段。
意大利米兰-比可卡大学IRCCS San Gerardo dei Tintori基金会的研究团队联合欧洲罕见肝病参考网络(ERN RARE-LIVER)的多国专家,开发出名为HOTSPoT(Hematoxylin & Eosin-based Open-access Tool for Segmentation of Portal Tracts)的开源模型。这项发表于《npj Digital Medicine》的研究,首次将Transformer架构成功应用于肝脏病理图像分割,通过多中心协作破解了算法泛化性难题。
研究团队采用三项核心技术:1)收集来自8国11个医疗中心的223例H&E染色肝活检样本构建多源异构数据集;2)基于SegFormer-b2架构开发轻量化模型(仅15MB),支持1-2μm/px双分辨率分析;3)创新性整合WSInfer库和QuPath平台,实现全切片图像(WSI)级GeoJSON标注输出。
模型开发
HOTSPoT在包含54,338个图像块的训练中,仅用10.6小时即达到最优性能。测试集显示模型对门管区、肝小叶和背景的分割交并比(IoU)分别为0.73、0.91和0.87,且在不同扫描设备(Hamamatsu/Aperio/3DHISTECH)间保持稳定。值得注意的是,2μm/px分辨率下门管区识别Dice系数达0.83,证明其适用于常规病理扫描设置。
临床验证
在35例临床样本测试中,模型自动计数的门管区数量与病理学家手动结果高度一致(κ=0.90)。更突破性的发现是,门管区面积占比与Ludwig纤维化分期呈现强相关性(r=0.87, p<0.001),这意味着HOTSPoT可能替代特殊染色实现纤维化快速评估。如图3所示,从F0到F4期门管区面积呈阶梯式增长,为无创诊断提供新思路。
技术对比
相较于既往研究,HOTSPoT展现出显著优势:1)较MUSA-UNet提升跨病种稳定性(PBC/AIH/GVHD测试集IoU均>0.82);2)比DeepLabv3改进小病灶识别(<100μm的胆管误判率降低37%);3)突破商业软件局限,成为首个支持WSI级开源分析的解决方案。
这项研究的里程碑意义在于:首先,其15MB的轻量化设计使得在常规病理工作站部署成为可能,平均单切片分析仅需1.3秒;其次,通过门管区自动量化首次建立形态学参数与纤维化分期的数学关系;更重要的是,开源策略(代码发布于GitHub)将推动肝脏病理学进入可重复研究新时代。正如讨论部分指出,该模型不仅适用于炎症定位分析,未来还可拓展至空间组学数据整合,为探索肝病机制提供全新研究范式。
局限性在于对重度炎症样本(如急性肝炎)中假性门管区的误判率仍达12%,且需进一步验证在儿童肝病中的应用效果。但毫无疑问,HOTSPoT为数字病理学树立了新标杆——它证明通过精心设计的Transformer架构和严谨的多中心验证,AI完全可以胜任复杂肝脏微解剖结构的精确解析。
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