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为应对分枝杆菌属多重耐药菌株挑战，研究人员报道了感染 Mycobacterium smegmatis mc2155 的新噬菌体 Policronamos 和 Palpatine 的注释基因组。前者长 75,894 bp 含 146 个 ORFs，后者 75,809 bp 含 140 个 ORFs，基因同线性与 E 亚群噬菌体高度匹配，助力噬菌体疗法研发。
分枝杆菌噬菌体 Policronamos 和 Palpatine 是感染 Mycobacterium smegmatis mc2155 菌株的有尾噬菌体。Policronamos 的基因组长度为 75,894 bp，含 146 个开放阅读框 (ORFs)；Palpatine 的基因组长度为 75,809 bp，含 140 个 ORFs。这两种分枝杆菌噬菌体的基因同线性与 E 亚群的其他噬菌体基因组高度匹配。
Policronamos 和 Palpatine 均分离自美国犹他州普罗沃的堆肥。每份样品悬浮于 7H9 肉汤中，经 0.22 μm 滤膜过滤。将滤液的噬菌斑测定与宿主细菌 (Mycobacterium smegmatis mc2155) 在 7H9 肉汤中混合，加入顶层琼脂后接种到 7H10 琼脂上，于 37°C 有氧培养 2 天。通过三轮纯化获得单一噬菌体，其中 Policronamos 形成清晰圆形噬菌斑 (直径约 5 mm)，Palpatine 形成浑浊噬菌斑 (直径约 1.4 cm)，可能具有溶原性。
高滴度裂解物 (>1×109 PFU/mL) 通过用 Middlebrook 7H9 肉汤冲洗近融合的 “网板”，室温孵育 2 小时后倾析并经 0.22 μm 滤膜过滤制备。使用 Norgen 噬菌体 DNA 分离试剂盒按制造商 protocol 从裂解物中提取 DNA，随后进行文库制备和测序。每个样品取 0.5 μg DNA，使用 NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit for Illumina 构建文库，添加独特索引码。DNA 样品超声处理至 350 bp，经末端抛光、A 尾添加后与 Illumina 测序全长接头连接，再经 PCR 扩增。PCR 产物纯化后，用 Agilent 2100 生物分析仪分析文库大小分布，实时 PCR 定量。全基因组采用 Illumina NovaSeq X PE150 测序，每个基因组产生 250-350 万条 150 bp 双端 reads。Reads 用 TrimGalore v0.6.6 修剪，最小长度 20 bp，最小 Phred 质量值 20。修剪后的 reads 用 Newbler v.2.9 组装，再用 CONSED v.2.9 验证。
每个基因组序列的 FASTA 文件先通过 DNA Master v.5.23.6 中的 GeneMark 3.0 和 Glimmer 2.5 算法自动注释。自动化基因注释通过 Starterator server v.1.2、基于网络的 Phamerator v.600 基因组图谱、tRNAscanSE v.2.0 tRNA 分析、HHPRED 网络服务器、GeneMarkS v.4.28 编码潜能图谱、PhageScope v.1.0 和 NCBI BLASTP 服务器进行手动验证。负染扫描透射电子显微镜 (STEM；2% 醋酸铀) 成像显示，这些噬菌体具有长尾病毒样形态。
基于 NCBI 服务器的 BLASTN 序列相似性得分，这些噬菌体被归入 E 亚群。Policronamos 含 6 个潜在孤儿基因。两种噬菌体的首个尾部组装伴侣开放阅读框 (ORF) 中均发现移码突变。噬菌体的持续发现和注释将加深我们对这些微生物中多样序列和功能的理解。
