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机器学习与RT-qPCR整合分析揭示嗜热菌Thermus thermophilus HB8的关键应激响应基因
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年08月21日 来源:Genetica 1.3
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来自全球顶尖团队的研究人员针对极端环境下细菌应激机制解析的难题,创新性地结合机器学习与分子生物学技术,对嗜热菌Thermus thermophilus HB8展开多组学研究。通过XGBoost(AUC=1.00)和随机森林(RF,AUC=0.99)算法筛选出TTHA0029、TTHA1720等关键基因,经RT-qPCR验证其在氧化应激和离子稳态中的调控作用,为工业微生物抗逆改造提供新靶点。
在微生物应对环境胁迫的生存竞赛中,嗜热战士Thermus thermophilus HB8因其卓越的耐热特性成为理想研究对象。科学家们巧妙地将人工智能武器库中的极端梯度提升(XGBoost)和随机森林(RF)算法投入战场,对65组经受不同胁迫处理的菌体转录组数据进行智能挖掘。结果显示,XGBoost以完美识别率(AUC=1.00)碾压其他模型,而RF(AUC=0.99)同样表现惊艳。
算法锁定的三个明星基因中,TTHA0029和TTHA1720在盐胁迫和过氧化氢攻击时表现活跃,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)证实它们像精准的分子开关般显著上调。进化树分析揭示这些基因是Thermus家族的独门武器,可能在氧化还原调控和离子平衡中扮演关键角色。这项研究不仅为理解极端微生物的生存策略打开新窗口,更通过机器学习与湿实验的完美联姻,为培育抗逆作物和优化工业菌株提供了黄金靶点——想象未来某天,这些从火山温泉里走出来的基因卫士,或许能在农业和生物制造领域大显身手。
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